[发明专利]多色荧光复合扩增11个肺癌易感性相关SNP位点试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及一种用于体外一次性复合扩增染色体上肺癌易感性相关的11个SNP基因座的试剂盒，属于肺癌易感性检测领域的发明。

背景技术

随着人类基因组计划(Human Genome Project)精确序列图的完成，功能基因的克隆与鉴定、人类基因组多样性的研究已成为下一个科技制高点。限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism RFLP)和微卫星多态性(microsatellite polymorphisms)作为第一代和第二代遗传标记，在物理图和遗传图的构建、序列基图的拼接和装搭过程中曾起到了决定性的作用。

1996年美国的E.Lander首次提出被称之为“第三代遗传标记”的“单核苷酸多态性”(single nucleotide polymorphism，SNP)。SNP是指在染色体基因组水平上单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性，而其中最少的一种等位基因在群体中的频率不小于1％。它包括单碱基的转换、颠换、插入及缺失等形式。SNP具有如下特点：首先，SNP位点非常丰富。几乎分布于整个基因组，基因组中大约平均每1000bp就会出现1个SNP，总数约有300万个。其次，SNP的突变率较低，每代每碱基突变率约为2×10^-8。尤其是处于编码区的(coding region)SNP(又称cSNP)，是高度稳定的，而串联重复的微卫星位点的高突变率使得对群体的遗传分析出现困难。第三，具有代表性。cSNP经常引起表达蛋白的多态性变异，并进而影响他们的功能、特性。第四，扩增片断短，易于符合扩增，易实现分析的自动化。

目前，人类基因组的研究工作已进入后基因组时代(Post genome Era)，研究人员重点在功能基因组学领域，其中包括疾病基因鉴定、基因表达调节、人类多样性和进化、蛋白质结构和功能等各项研究工作。在这种情况下，作为一类基因研究工具，SNP被广泛应用于遗传疾病、人类进化、生物种群多样性等方面的研究。

SNP与各种疾病关系的研究越来越受到研究人员的重视。如果得出某些SNP或某些SNP的特定组合与特定疾病、特定地区发病人群有明显相关性，就可以以此SNP作为分子遗传标记，进行分子标记辅助选择和疾病预测预防，在流行病学调查中确定疾病患者的高危人群，以及进行患病危险程度的评价，建立有效的预警系统，达到有效的一级预防目的。

近年来的研究表明，许多肿瘤易感性与SNP之间具有强相关性，比如：XRCC3(Thr241Met)的Met/Met基因型、LIG4(T1977C)的T等位基因、RAD51(G135C)的C等位基因、XPD(Lys751Gln)的Lys等位基因分别增加个体患前列腺癌、乳腺癌、头颈部鳞状细胞癌、肺癌的风险。携带有此种基因型或单倍型的个体更易患肿瘤。GSTM4(T2517C)的T等位基因增加个体患肺癌的可能性，而NQO1(C609T′)的CC基因型增加个体患肺癌的风险，hOGG1(A11656G)的GG基因型增加肺癌的易感性；LIG4Ile658Val、Tp53Arg72Pro、PLOI(RAD3OB)Thr706Ala、REV1 Phe257Ser SNP突变均与肺癌易感性相关；AXIN2 Pro50Ser、XPD Lys751Gln、XPC Lys939Gln、MPO-463G-＞A、XRCC1 194Trp/Arg、MBD4Glu346Lys、LRMPV141L、RASSF1 Ala133Ser、CYP1B1 Val432Leu、ADPRTVal762Ala等SNP突变均增加肺癌的易感性。这些特异性标记可以作为判断个体某肿瘤易感性的分子标记，进行疾病预测，从而可确定患某肿瘤的高危人群。

SNP基因座的研究大多是逐个位点进行的，检测手段或者使用测序技术，或者采用测序或者采用限制性内切酶消化的方法，前者技术复杂，费用昂贵；后者操作繁琐、准确性差。复合扩增(Multiplex PCR)又称为多重PCR，即在一个反应体系中使用多套引物，针对多个DNA模板或同一模板的不同区域进行扩增的过程。它可大幅度地简化操作程序、节省时间和试剂，同时能满足同时分析不同基因位点的需要。