[发明专利]鱼类种质资源遗传分析装置

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学DNA分子标记数据分析技术领域，具体涉及到DNA分子标记电泳基因分型后的数据处理，尤其指随机引物扩增多态性DNA(RAPD)、限制性片段长度多态性(RFLP)、扩增片段长度多态性(AFLP)和微卫星分子标记(SSR或MS或SSLP或STR)这几种DNA分子标记在物种的遗传多样性、群体遗传结构等群体遗传学方面应用的数据分析。

背景技术

鱼类种质资源研究是生物多样性研究的重要组成部分，是鱼类物种保护、渔业可持续生产的一项基本的研究内容，DNA分子标记分析作为鱼类种质资源研究的一个重要部分，在濒危鱼类保护、野生资源评估、养殖鱼类遗传指导、鱼类遗传育种等众多方面发挥着重要作用。

近些年来，DNA分子标记技术充足的发展和完善，特别是随机引物扩增多态性DNA(RAPD)、限制性片段长度多态性(RFLP)、扩增片段长度多态性(AFLP)和微卫星分子标记(SSR或MS或SSLP或STR)这几种DNA分子标记由于其各自的优点及快捷方便的检测方法，在群体遗传多样性、群体遗传结构、群体演化、个体识别、亲子鉴定等群体遗传学领域得到了广泛的应用，群体遗传学领域关于这些分子标记的数据处理方法和理论也进行了纵深研究，形成了一系列的理论基础，并在此基础上结合计算机算法产生了诸多具有各自特色和优点的分子标记分析软件，如Genepop(Raymond M.1995.J.Heredity，86：248-249)软件、PopGene(YEH，F.C.1997.Belgian Journal of Botany129：157)软件、Arlequin(Excoffier.Evolutionary Bioinformatics Online 1：47-50)软件、Phylip(Felsenstein J.2005.Department of Genome Sciences，University ofWashington，Seattle.)软件、Structure(Pritchard.J.K.2007.Molecular EcologyNotes 7，574-578)软件、GeneClass(Piry S.2004Journal of Heredity 95：536-539.)软件、FreeNA(Chapuis，M.P.2007.Molecular Biology and Evolution 24：621-631)软件等等一系列群体遗传学分析软件，它们各自有各自的功能，单独使用比较方便，在鱼类种质资源遗传分析中常用的软件及其实现的功能有：Genepop(Raymond M.1995.J.Heredity，86：248-249)软件能够完成哈代温博格(HW equilibrium)平衡、群体分化(Population differentiation)、连锁不平衡(Genotype linkage disequilibrium)、基因流(Nm)等参数的分析；PopGene(YEH，F.C.1997.Belgian Journal of Botany 129：157)软件能够对基因频率、基因型频率、等位基因数目(Ae)、杂合度(He)、群体自交系数(f)、及遗传分化(Fit，Fst，Fis)、基因流(Nm)等参数进行分析；Phylip(Felsenstein J.2005.Department of Genome Sciences，University of Washington，Seattle.)系列软件能够处理包括核酸序列、分子标记数据、包括形态学数据在类的离散或连续分布的数据，完成鱼类种质资源的群体或品种演化等相关分析；Structure(Pritchard.J.K.2007.Molecular Ecology Notes 7，574-578)软件能够完成鱼类种质资源遗传群体的确定及群体、个体的亲缘分配(assign)，获得群体迁徙路线、群体分化程度、群体演化等结果。但这些软件各自都有其独特的输入文件格式标准，在使用某一软件的时候，必须先将待分析的分子标记数据转换成其特定的格式后才能够使用该软件进行分析并获得所要的结果，其中Phylip软件包含有35个分析程序，均为命令行界面，各程序独立使用，不支持分析的批量处理(Felsenstein J，2005)。