[发明专利]低聚物探针阵列芯片、用于制造其的掩模以及使用其的杂交分析方法

说明书

技术领域

示例实施方式涉及低聚物探针阵列、用于制造低聚物探针阵列芯片的掩模以及包括低聚物探针阵列芯片的杂交分析方法。

背景技术

低聚物探针阵列芯片可以用于进行基因分型，分析蛋白质和/或缩氨酸，筛选药品，以及利用基因表达谱和/或例如包括SNP的突变和多态性检测来研发制造新药品。

可以使用像素扫描型光电倍增管(PMT)扫描仪和区域扫描型电荷耦合器件(CCD)扫描仪分析低聚物探针阵列芯片的杂交结果。

在PMT扫描仪中，当光学系统或芯片移动时，在像素单元中可以进行激发和发射，并且PMT可以将基于像素的类型而获得的发射值进行放大，从而通过A/D转换器形成最终的图形。在PMT扫描仪中，可以控制PMT增益以放大具有较低强度的光，并且灵敏度可以较高。PMT扫描仪可以用于探测具有较低强度的低聚物探针阵列芯片的荧光性。因为PMT扫描仪是像素扫描型，所以可以使用具有对激发波长相对应的较高强度的激光器，使对每个像素的驻留时间最小化，由此可以减少扫描时间。如果使用低聚物探针阵列芯片必须改变荧光颜料的类型来进行各种类型的测试，那么需要额外的激光器并且需要对PMT和光学系统进行重新配置。难以使用简单的工艺进行重新配置，并且成本更高。因为PMT扫描仪是像素扫描类型，所以需要一个或多个光学系统(例如透镜和/或激光器)和芯片根据像素单元进行精确移动。因为这些潜在的需求，PMT扫描仪具有较低的元件适应性。如果对高密度低聚物探针阵列芯片进行分析，则设计复杂性会更高。

CCD扫描仪的像素分辨率取决于CCD芯片的面积、像素尺寸和/或照明系统的放大倍率，与PMT扫描仪相比更容易提高像素分辨率。

因为CCD扫描仪是区域扫描型，因此相比于像素扫描型扫描仪使用的单个像素单元，可以在具有几十万或百万像素的区域单元中控制扫描尺寸。因而，可以增大扫描间距，这导致相邻扫描图像之间的间断。间断会随着像素分辨率的增大而增大。

发明内容

示例实施方式可以提供一种低聚物探针阵列芯片，包括基底、位于基底上的具有多个以行的形式的子阵列的主阵列、和/或在每个子阵列行外部的多个子阵列排列点阵列。每个子阵列包括以矩阵形式的多个点，不同序列的低聚物探针固定于所述点。

示例实施方式提供一种低聚物探针阵列芯片，包括基底、位于基底上的主阵列，所述主阵列具有被以矩阵形式的十字形空间分隔开的以面板形式的多个子阵列。面板型子阵列均可以包括多个以矩阵形式的点，具有不同序列的低聚物探针固定于所述点。

示例实施方式提供一种具有用于形成低聚物探针阵列芯片的主阵列图形的掩模，该掩模包括：排列成行的多个子阵列图形，和/或位于每个子阵列行图形外部的多个子阵列图形排列点阵列图形。该子阵列图形均可以包括多个排列成矩阵的点图形。

示例实施方式提供一种具有用于形成低聚物探针阵列芯片的主阵列图形的掩模，该掩模包括彼此被十字形空间分隔开的多个面板型子阵列图形。

示例方法提供一种低聚物探针阵列芯片的杂交分析方法。示例方法包括：杂交目标样品和/或具有多个排列成行的子阵列的低聚物探针阵列芯片；通过子阵列排列点阵列重复地确定所述子阵列的位置，来形成探针上的所有子阵列的图像；通过例如TDI型CCD扫描仪来形成每个子阵列的图像；以及排列所得到的子阵列图像，以形成一个杂交图像。

示例方法提供一种杂交分析方法，包括：杂交目标样品和/或具有被多个以矩阵形式的十字形空间分隔开的以面板形式的多个子阵列的低聚物探针阵列芯片；通过该空间重复地确定每个子阵列的位置，来形成所有子阵列的图像；通过例如CCD扫描仪来形成每个子阵列的图像；以及排列得到的子阵列图像，以形成一个杂交图像。

附图说明

通过描述附图，示例实施方式的上述和其他特征以及优点将变得显而易见，其中：

图1是用于制造低聚物探针阵列芯片的示例实施方式掩模的布局图；

图2是说明时间延迟积分法型扫描仪的CCD宽度和成行的子阵列之间的关系的布局图；

图3是可以使用图1中示出的掩模制造的示例实施方式低聚物探针阵列芯片的截面视图；

图4是说明低聚物探针阵列芯片的实施例杂交分析的流程图；

图5是可以用于制造低聚物探针阵列芯片的可替换示例实施方式掩模的布局图；

图6是可以用于制造低聚物探针阵列芯片的可替换示例实施方式掩模的布局图；

图7是说明步骤反复型扫描仪的CCD宽度和面板型子阵列之间的关系的布局图；

图8是可以使用图6中示出的掩模制造的示例实施方式低聚物探针阵列芯片的截面视图；