[发明专利]量化HIV表型或趋向性试验

权利要求书

1.用于预测感染HIV的患者的量化表型例如gag-表型、整合酶表型或趋向性的方法，所述方法包括

a)使用来自所述患者的含有病毒基因材料的样品；

b)从所述样品中提取病毒基因材料，随后进行单基因组测序，包括以下步骤：

1.特定HIV区域的病毒基因材料的扩增

2.扩增子完整性的分析和样品收集

3.所收集的扩增子的纯化

4.将扩增子集合连接到载体中并将所连接的产物转化入感受态细胞

5.获得的各个转化体的分析

6.对所得单克隆进行测序以得到单克隆基因型序列；

c)利用预测算法使用所述基因型序列对具体表型例如gag-表型、整合酶表型或趋向性进行预测，包括以下步骤：

1.在所述基因型序列中鉴定基因模式，其中至少一种自然变异、获得性变异、药物选择突变或突变模式与所述量化表型结果，例如gag表型、整合酶表型或趋向性相关，

2.搜索基因型/表型相关数据库中至少一条基因型条目，其具有与在步骤c1的所述基因序列中鉴定的至少一种自然变异、获得性变异、药物选择突变或突变模式相似的基因模式，

3.在所述相关基因型/表型数据库中获得所述至少一条具有与匹配表型相似基因模式的基因型条目，和

4.从所述至少一条具有相似基因模式的基因型条目的数据库中预测所述HIV表型；

d)对HIV感染患者的样品中存在的每一个单一序列克隆，根据步骤c1～c4中获得的信息预测所述量化表型例如gag表型、整合酶表型或趋向性。

2.如权利要求1所述的方法，进一步在步骤(c)之后和步骤(d)之前包括以下步骤，其中

1.在单一克隆生物表型试验中分析没有可预测表型的克隆序列

2.在所述分析后获得的信息输入在步骤(c)中使用的相关基因型-表型数据库。

3.如权利要求2所述的方法，其中所述单一克隆生物表型试验包括以下步骤：

1.生成克隆的部分或全长HIV基因组

2.用所述基因组转染哺乳动物细胞，或者与合适的主干一起进行以获得重组HIV，或者直接作为全长的HIV-1基因组

3.通过所述重组HIV对细胞系进行感染以确定其中发生感染过程的生物表型。

4.随后，获得的信息输入在步骤(c)中使用的相关基因型-表型数据库。

4.如权利要求3所述的方法，其中步骤2(转染)和步骤3(感染)在单一步骤中进行。

5.如权利要求1～4所述的方法，其中在步骤(b1)中的特殊HIV区域的病毒基因材料的扩增或者通过RT-PCR或者通过PCR进行。

6.如权利要求1～5所述的方法，其中在步骤(b4)中使用的感受态细胞是大肠杆菌、酵母或杆菌(Bacillus)。

7.如权利要求3～6中任一项所述的方法，其中所述感染过程或者通过在所述全长HIV基因组中导入的标记基因或者通过在指示细胞系中导入的标记基因，或者显微地通过细胞病变效果评分，或者通过合胞形成进行监测。

8.如前述权利要求中任一项所述的方法，在报道所述表型或趋向性后，根据量化表型例如gag表型、整合酶表型或趋向性的预测算法，将由感染HIV的患者的样品获得和测序的HIV序列输入相关基因型-表型数据库。

9.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中来自患者的样品是获得自选自血液样品、活组织检查样品、血浆样品、唾液样品、组织样品和体液或粘液样品的生物样品。

10.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中附加地在感染HIV的患者的样品中确定病毒载量。

11.如权利要求1～10中任一项所述的方法，其中所述量化趋向性的预测是HIV-1辅助受体使用的量化偏移，例如由或者CCR5至CXCR4，或者由CXCR4至CCR5。

12.如权利要求1～10中任一项所述的方法，其中量化gag-表型的预测与HIV-1蛋白酶活性相关，这是在所述gag开放阅读框和/或在gag-切割位点的自然变异或药物-诱导/选择变异的结果。