[发明专利]新的胎儿甲基化标记物

说明书

相关申请

本申请要求2006年5月3日提交的序列号为60/797,506的美国临时 专利申请的优先权，为了所有目的将其整体通过引用并入本文。

发明背景

早期检测包括妊娠或者分娩期间的潜在并发症以及胎儿的遗传缺陷 在内的妊娠相关病症非常重要，因为它使母体和胎儿安全所需的早期医 疗介入成为可能。通常采用例如绒毛膜绒毛取样(CVS)或者羊膜穿刺术的 方法利用从胎儿分离的细胞来进行产前诊断。尽管操作非常仔细，但这 些常规方法均是侵入性的，并对母体和胎儿有一定的风险(Tabor et al.， Lancet 1：1287-1293，1986)。

在发现母体循环中存在一些类型的胎儿细胞(Johansen et al.， Prenat.Diagn.15：921-931，1995)之后，更重要的是在发现母体血浆和 血清中能够检测到循环的无细胞的胎儿DNA(Lo et al.，Lancet 350： 485-487，1997)之后，已经开发了替代这些侵入性方法的产前筛查方法， 例如检测胎儿异常的方法。已证明，母体血液中的胎儿DNA的含量 足够用于遗传学分析，与分离和富集胎儿细胞的必需步骤相比，并不 需要对所述血浆或血清进行复杂的处理。利用基于聚合酶链式反应 (PCR)的技术，通过检测母体血浆或者血清中的胎儿DNA来完成胎儿 恒河猴D(rhesus D(RhD))基因型的检测(Lo et al.，N.Engl.J.Med.339： 1734-1738，1998)、胎儿性别的确定(Lo et al.，Hum.Genet.90：483-488， 1993)、以及一些胎儿病症的诊断(Amicucci et al.，Clin.Chem.46： 301-302，2000；Saito et al.，Lancet 356：1170，2000；及Chiu et al.，Lancet 360：998-1000，2002)。

此外，也有报道称在先兆子痫(Lo et al.，Clin.Chem.45：184-188， 1999和Zhong et al.，Am.J.Obstet.Gynecol.184：414-419，2001)、胎儿 21号染色体三体性(trisomy)(Lo et al.，Clin.Chem.45：1747-1751，1999 和Zhong et al.Prenat.Diagn.20：795-798，2000)和妊娠剧吐症 (hyperemesis gravidarum)(Sekizawa et al.，Clin.Chem.47：2164-2165， 2001)的母体血浆/血清中胎儿DNA含量异常。美国专利第6,258,540 号也公开了用于产前遗传分析的母体血液中胎儿核酸的检测。

因为胎儿DNA与母体DNA在孕妇血液的无细胞部分例如血清或者 血浆中共存，所以需要区别胎儿来源和母体来源的DNA以保证基于胎儿 DNA的诊断结果准确。公开号为20030044388的美国专利申请09/944,951 首次公开了胎儿和母体DNA可以根据它们不同的甲基化模式被区分。 Landes等在美国专利申请公开号20030211522中还提出了不同的甲基化 标记物可以用于产前诊断。另一方面，为了确保基于胎儿DNA的检测法 的效果并且消除检测结果的错误解读，还需要确定检测步骤使用的样品 中胎儿DNA的存在和数量，所述错误解读是由于所述检测方法获得的胎 儿DNA的不充分回收造成的。因此需要鉴定胎儿DNA标记物，该标记 物可以有效地作为试样中胎儿DNA存在或者缺失的通用指示剂。重要的 是，这类胎儿DNA标记物与其母体对应物一直且一致不同，而且该标记 物的存在或者缺失可以在母体DNA背景中被容易地确定，并且通常与胎 儿DNA的存在或者缺失有直接联系。本发明满足这类和其他相关的需 要。