[发明专利]用于核酸扩增的化学修饰的寡核苷酸引物有效
申请号: | 200780027958.8 | 申请日: | 2007-05-17 |
公开(公告)号: | CN101517091A | 公开(公告)日: | 2009-08-26 |
发明(设计)人: | G·佐恩;A·莱布迪夫 | 申请(专利权)人: | 垂林克生物技术公司 |
主分类号: | C12P19/34 | 分类号: | C12P19/34 |
代理公司: | 北京纪凯知识产权代理有限公司 | 代理人: | 赵蓉民;路小龙 |
地址: | 美国加利*** | 国省代码: | 美国;US |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 核酸 扩增 化学 修饰 寡核苷酸 引物 | ||
1.扩增核酸的方法,所述方法包含使用修饰的寡核苷酸引物扩增核酸,
其中所述修饰的寡核苷酸引物在一个或多个核苷酸间键合处包含一个或 多个可热解离基团;
其中所述一个或多个可热解离基团可以被不可逆热解离;和
其中所述修饰的寡核苷酸引物具有如下结构I:
其中:
Nuc是在所述引物序列中的核苷;
U为O或NR9;
Z为O或S;
R9为氢或任选取代的直链或支链烃基,其具有从1-20个碳原子,其中每一 个可以独立包括至少一个选自卤素、氧代、羟基、烷氧基、芳氧基、氨基、酰 胺基或可检测标记的取代基;
Y是O或S;
W是O或S;和
Q选自一个或多个热可解离基团。
2.权利要求1所述的方法,其中所述一个或多个热可解离基团选自下式:
-L-X-R1
(式I)
其中:
L是直链或支链亚烃基团,其具有介于1-10个之间的碳原子;
X是O、S、S(O)、S(O)2、C(O)、C(S)或C(O)NH;和
R1是氢或直链或支链亚烃基团,其具有1-20个碳原子,其可以任选地包 括至少一个选自卤素、氧代、羟基、烷氧基、氨基、酰胺基、环烷基、杂环烷 基、芳基、芳氧基和杂芳基的取代基;
(式Ia)
其中:
L是直链或支链亚烃基团,其具有介于1-10个之间的碳原子;和
R1是氢或直链或支链亚烃基团,其具有1-20个碳原子,其可以任选地包 括至少一个选自卤素、氧代、羟基、烷氧基、氨基、酰胺基、环烷基、杂环烷 基、芳基、芳氧基和杂芳基的取代基;
-L-S(O)k-R1
(式Ib)
其中:
k是从0-2的整数;
L是直链或支链亚烃基团,其具有介于1-10个之间的碳原子;和
R1是氢或直链或支链亚烃基团,其具有1-20个碳原子,其可以任选地包 括至少一个选自卤素、氧代、羟基、烷氧基、氨基、酰胺基、环烷基、杂环烷 基、芳基、芳氧基和杂芳基的取代基;
(式Ic)
其中:
L是直链或支链亚烃基团,其具有介于1-10个之间的碳原子;和
每一个R1独立为氢或直链或支链亚烃基团,其具有1-20个碳原子,其可 以任选地包括至少一个选自卤素、氧代、羟基、烷氧基、氨基、酰胺基、环烷 基、杂环烷基、芳基、芳氧基和杂芳基的取代基;
(式Id)
其中:
L是直链或支链亚烃基团,其具有介于1-10个之间的碳原子;和
R1是氢或直链或支链亚烃基团,其具有1-20个碳原子,其可以任选地包 括至少一个选自卤素、氧代、羟基、烷氧基、氨基、酰胺基、环烷基、杂环烷 基、芳基、芳氧基和杂芳基的取代基;
-L-R2
(式II)
其中:
L是直链或支链亚烃基团,其具有介于1-10个之间的碳原子;和
R2是氢,氰基或任选取代的碳环、杂环、芳基或杂芳基,其具有介于5-10 个之间的原子;
-La-A-Lb-B
(式III)
其中:
La和Lb每一个独立选自键或具有介于1-8个之间碳原子的直链或支链亚 烃基团;
A是O、S、S(O)、S(O)2、Se、CR3R4、NR3、C(O)、C(S)或CNR3;
B是C(O)R3、C(S)R3、C(O)NR3R4、OR3或SR3;和
R3和R4每一个独立为氢或直链或支链亚烃基团,其具有1-20个碳原子, 其可以任选的包括至少一个选自卤素、氧代、羟基、烷氧基、氨基、 酰胺基、环烷基、杂环烷基、芳基、芳氧基和杂芳基的取代基;和
-La-D-Lb-E-Lc-F
(式IV)
其中:
La,Lb和Lc每一个独立选自键或具有介于1-8个之间碳原子的直链或支 链亚烃基团;
D是O、S、S(O)、S(O)2、CR5R6和NR5;
E是O、S、S(O)、S(O)2、CR5R6和NR6;
F是氢、C(O)R7、C(S)R7、C(O)NR7R8、OR7和SR7;
R5和R6每一个可以独立为氢、芳基、烷基、卤素、氧代、羟基、烷氧基、 芳氧基或氨基,或R5和R6可以联合形成单环或双环,其由5-10个原 子组成并包括D、R5、R6、E和Lb,条件是当R5和R6联合形成环时, n是0-2;和
R7和R8每一个独立选自芳基、烷基、卤素、氧代、羟基、烷氧基、芳氧 基、氨基、酰胺基、任选取代的环烷基、任选取代的杂环烷基、任选 取代的芳基、任选取代的芳氧基和任选取代的杂芳基。
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