[发明专利]玉米多态性和基因分型的方法

说明书

并入的序列表

两份序列表拷贝(拷贝1和拷贝2)和一份计算机可读形式(CRF) 的序列表，都在CD-ROM上，每份CD-ROM中都包含名为“pa_00358B.rpt” 的文件，该文件大小为10.8MB(在MS-DOS中测定)，所有序列表都 创建于2006年8月10日，通过引用并入本文。

并入的表格

CD-ROM中的两份表格拷贝(拷贝1和拷贝2)(每份CD-ROM中包 含名为“Table 1.txt”的3MB(在MS-DOS中测定)的文件和名为“Table 3.doc”的2.2MB的文件)都创建于2006年8月11日，通过引用并入 本文。

发明领域

本发明公开了玉米多态性，涉及所述多态性的核酸分子以及使用 所述多态性和分子的方法，例如，在基因分型中。

背景技术

多态性用作遗传标记，用于农业领域中的基因分型应用，例如， 在植物遗传研究和商业育种中。参见例如美国专利5,385,835； 5,437,697；5,385,835；5,492,547；5,746,023；5,962,764； 5,981,832和6,100,030，所有这些专利的公开内容通过引用并入本 文。DNA的高度保守性与极少发生的稳定的多态性相结合提供了遗传 标记，这两者都是可预测的并且都可以辨别不同的基因型。现有的遗 传标记种类之一是指示遗传变异的多种多态性，包括限制性片段长度 多态性(RFLPs)，扩增片段长度多态性(AFLPs)，简单序列重复(SSRs)， 单核苷酸多态性(SNPs)和插入/缺失多态性(Indels)。用于植物物 种的遗传标记的数量是有限的，因此额外的遗传标记的发现将促进基 因分型应用，包括标记性状关联研究，基因定位，基因发现，标记辅 助选择和标记辅助育种。发展中的技术使得一些遗传标记更适于快速 的，大规模用途。例如，SNP检测技术表明SNP是优选的遗传标记。

发明概述

本发明提供了大量的玉米遗传标记。这些遗传标记包括玉米DNA 基因座，其用于至少两种玉米品种之间的基因分型应用。本发明的多 态性玉米基因座包含至少20个连续的核苷酸，其包括多态性或与多态 性相邻，所述多态性是本文(例如，表1中)鉴定的多态性。更具体 地，本发明的多态性玉米基因座具有这样的核苷酸序列，其与包括多 态性或者与多态性相邻的玉米DNA片段的任一条链中的相同核苷酸数 量的序列至少90％，优选至少95％同一。如在表1中所示，SEQ ID NO： 1至SEQ ID NO：10373的核酸序列包含一个或多个多态性，例如，单 核苷酸多态性(SNPs)和插入/缺失多态性(Indels)。

在本发明的一个方面中，在一个或多个DNA序列的数据组中提供 了多态性玉米基因座，即数据组包含高达限定数量的不同序列的多态 性基因座。数据组中的限定数量的多态性基因座可以少至2个或高达 1000个以上或更多，例如，5、10、25、40、75、100或500个基因座。 此类数据组用于大规模的或包括大量的植物的基因分型应用。在本发 明的一个有用的方面中，多态性玉米基因座的数据组记录在计算机可 读介质上。

在本发明的另一个方面中，将本发明的基因座中的多态性定位在 玉米基因组上，例如，作为包含两个或多个多态性的图谱位置的玉米 基因组的遗传图谱，如表1中所示，更优选如表3中所示。此类遗传 图谱在图1中说明。遗传图谱数据还可以记录在计算机可读介质上。 本发明的优选实施方案提供高密度的多态性遗传图谱，例如，至少150 个或更多，比如说至少500个或1000个，跨越玉米基因组图谱的多态 性。特别地，有用的遗传图谱包含在连锁群上平均距离不多于10厘摩 (cM)的多态性。

本发明还提供了用于鉴定多态性的核酸分子，此类分子优选是寡 核苷酸，其用作用于扩增玉米基因组片段(例如，多态性基因座)的 PCR引物，和用于在玉米DNA中鉴定特定多态性的存在或缺失的测定 的杂交探针。