[发明专利]恶性疟原虫药物抗性相关基因多态性检测芯片及其应用

权利要求书

1.一种恶性疟原虫药物抗性相关基因多态性检测芯片，包括固相载体和探针，其特征在于，所述探针与待测恶性疟原虫药物抗性相关基因的核苷酸序列和/或其互补序列进行杂交。

2.如权利要求1所述的检测芯片，其特征在于，所述待测恶性疟原虫药物抗性相关基因至少包括一种或两种以上的下述基因：Pfdhfr、Pfmdr1、PfATPase6、Pfdhps和Pfcrt。

3.如权利要求1或2所述的检测芯片，其特征在于，所述探针为DNA、RNA、DNA-RNA嵌合体、PNA或其衍生物。

4.如权利要求3所述的检测芯片，其特征在于，所述探针为DNA，至少包括下述一种或两种以上的探针：

(1)与待测Pfdhfr基因杂交的探针，其包含选自(a)SEQ ID NO：1～SEQ ID N0：16所示序列，(b)SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：16所示序列中每条序列的互补链，(c)与SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：16所示序列中每条序列有至少70％同源性的序列；

(2)与待测Pfmdr1基因杂交的探针，其包含选自(a)SEQ ID NO：17～SEQ ID NO：20所示序列，(b)SEQ ID NO：17～SEQ ID NO：20所示序列中每条序列的互补链，(c)与SEQ ID NO：17～SEQ ID NO：20所示序列中每条序列有至少70％同源性的序列；

(3)与待测PfATPase6基因杂交的探针，其包含选自(a)SEQ ID NO：21～SEQ IDNO：23所示序列，(b)SEQ ID NO：21～SEQ ID NO：23所示序列中每条序列的互补链，(c)与SEQ ID NO：21～SEQID NO：23所示序列中每条序列有至少70％同源性的序列；

(4)与待测Pfdhps基因杂交的探针，其包含选自(a)SEQ ID NO：24～SEQID NO：40所示序列，(b)SEQ ID NO：24～SEQ ID NO：40所示序列中每条序列的互补链，(c)与SEQ ID NO：24～SEQ ID NO：40所示序列中每条序列有至少70％同源性的序列；

(5)与待测Pfcrt基因杂交的探针，其包含选自(a)SEQ ID NO：41～SEQ ID NO：45所示序列，(b)SEQ ID NO：41～SEQ ID NO：45所示序列中每条序列的互补链，(c)与SEQ ID NO：41～SEQ ID NO：45所示序列中每条序列有至少70％同源性的序列。

5.如权利要求4所述的检测芯片，其特征在于，所述探针包括选自SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：45所示的序列。

6.一种应用权利要求1所述芯片检测恶性疟原虫药物抗性相关基因多态性的方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)在固相载体表面点载权利要求1所述的探针；

(2)抽提待测样品核酸；

(3)制备待测恶性疟原虫药物抗性相关基因的目的核苷酸序列；

(4)标记步骤(3)的目的核苷酸序列；

(5)在适于与步骤(1)所述的点载在固相载体上的探针进行杂交的条件下，加入经标记的目的核苷酸序列，并使其反应足够时间；

(6)检测杂交反应的结果。

7.如权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤(4)所述目的核苷酸序列的标记采用包括荧光素标记、生物素标记、电化学发光标记、放射性元素标记或酶标记。

8.一种应用权利要求1所述芯片检测恶性疟原虫药物抗性相关基因多态性的方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)标记权利要求1所述的探针；

(2)抽提待测样品核酸；

(3)制备待测恶性疟原虫药物抗性相关基因的目的核苷酸序列；

(4)在固相载体表面点载步骤(3)所述的目的核苷酸序列；

(5)在适于与步骤(4)所述的点载在固相载体上的目的核苷酸序列进行杂交的条件下，加入经标记的探针，并使其反应足够时间；

(6)检测杂交反应的结果。

9.如权利要求8所述的方法，其特征在于，步骤(1)所述的探针标记采用包括荧光素标记、生物素标记、荧光共振能量转移标记、电化学发光标记、放射性元素标记或酶标记。