[发明专利]恶性疟原虫药物抗性相关基因多态性检测芯片及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及疟原虫抗性相关基因多态性检测芯片，尤其涉及一种恶性疟原虫药物抗性相关基因多态性检测芯片及其应用。

背景技术

恶性疟在世界范围内流行形势严峻，每年约100万人死于恶性疟，尚不包括间接引起的死亡。我国疟疾防治取得显著成就，但疟疾仍然是我国最重要的寄生虫病之一，且云南和海南仍然存在恶性疟流行，历年均有死亡病例报告。恶性疟对流行地区造成严重的社会经济负担，药物抗性的产生进一步加重其危害。20世纪50年代后期在泰缅边境和哥伦比亚出现氯喹抗性病例。随后，氯喹抗性几乎遍布恶性疟流行区，哌喹、甲氟喹、乙胺嘧啶和磺胺类药物抗性株相继出现，甚至青蒿素类药物的敏感性也开始下降。研究结果表明我国也存在较为严重的恶性疟原虫抗性问题，呈现以下趋势：抗一种药物→抗多种药物，低度抗性→高度抗性，单一抗性→多重抗性，产生抗性慢→产生抗性快。深入理解恶性疟抗性的产生机制，准确快速监测抗性株的分布和流行已成为当前恶性疟防治工作面临的重要问题。

近期研究表明抗疟药抗性的产生与恶性疟原虫某些关键基因的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)有关，目前发现多个基因的SNP可反映恶性疟原虫对相应药物的抗性情况，并在不同地区的多项研究中得到验证。已明确的恶性疟原虫抗性相关SNP包括：恶性疟原虫氯喹抗性转运蛋白基因(Pfcrt)的391T/A、392G/C、399G/T、400A/G、402T/A和404A/C多态性(对应72～76位氨基酸编码序列)与氯喹抗性相关联(Anderson TJ，Nair S，Qin H，et al.Antimicrob AgentsChemother，2005，49(6)：2180-2188；Tagelsir N，Ibrahim Z，Medani A，et al.Acta Trop，2006，97(1)：19-25；Dittrich S，Alifrangis M，Stohrer JM，et al.Trop Med Int Health，2005，10(12)：1267-1270)；恶性疟原虫多药抗性基因(Pfmdr1)的256A/T和257A/T多态性(对应86位氨基酸编码序列)与甲氟喹、氯喹等多种药物的抗性有关(Anderson TJ，Nair S，Qin H，et al.Antimicrob Agents Chemother，2005，49(6)：2180-2188；Tagelsir N，Ibrahim Z，Medani A，et al.Acta Trop，2006，97(1)：19-25；Duraisingh MT，Refour P.Mol Microbiol，2005，57(4)：874-877)；恶性疟原虫二氢喋酸合成酶基因(Pfdhps)的1482T/G、1483C/T/G、1486G/C、1794A/G、1918C/G和2013G/T/A多态性(对应436、437、540、581和613位氨基酸编码序列)与磺胺类药物抗性有关；恶性疟原虫二氢叶酸还原酶基因(Pfdhfr)的148T/C、152A/T、153T/C、175T/C、323G/A/C和490A/T多态性(对应50、51、59、108和164位氨基酸编码序列)与乙胺嘧啶抗性有关(官亚宜，汤林华.中国寄生虫学与寄生虫病杂志，2005，23(2)：117-120；Happi CT，GbotoshoGO，Folarin OA，et al.Acta Trop，2005，95(3)：183-193；Ndiaye D，Daily JP，Sarr O，et al.Trop Med Int Health，2005，10(11)：1176-1179)；恶性疟原虫三磷酸腺苷酶第6亚基基因(PfATPase6)的2306G/A多态性(对应769位氨基酸编码序列)与青蒿素类药物IC50升高有关(Jambou R，Legrand E，Niang M，et al.Lancet，2005，366(9501)：1960-1963；Eckstein-Ludwig U，Webb RJ，Van Goethem ID，etal.Nature，2003，424(6951)：957-961)。在非洲和东南亚等恶性疟严重流行地区，上述SNP已被作为分子标志用于现场恶性疟原虫的药物抗性评价(官亚宜，汤林华.中国寄生虫学与寄生虫病杂志，2005，23(2)：117-120；Congpuong K，Na BangchangK，Mungthin M，et al.Trop Med Int Health，2005，10(8)：717-722；SyafruddinD，Asih PB，Casey GJ，et al.Am J Trop Med Hyg，2005，72(2)：174-181；NsimbaB，Jafari-Guemouri S，Malonga DA，et al.Trop Med Int Health.2005，10(10)：1030-1037)。