[发明专利]用于检测血清淀粉状蛋白A1(SAA1)的基因型的核苷酸引物组和核苷酸探针无效
申请号: | 200810091278.9 | 申请日: | 2008-04-28 |
公开(公告)号: | CN101294222A | 公开(公告)日: | 2008-10-29 |
发明(设计)人: | 中村奈绪子;伊藤桂子;高桥匡庆;桥本幸二;源间信弘 | 申请(专利权)人: | 株式会社东芝 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;C12N15/11 |
代理公司: | 北京市中咨律师事务所 | 代理人: | 黄革生;林柏楠 |
地址: | 日本*** | 国省代码: | 日本;JP |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 检测 血清 淀粉 蛋白 a1 saa1 基因型 核苷酸 引物 探针 | ||
1.用于LAMP扩增的核苷酸引物组,其用于检测SAA1基因单核苷 酸多态性C-13T的基因型,其特征在于
当靶核苷酸从5’端依次具有F3区、F2区和F1区及从3’端依次具有 B3c区、B2c区和B1c区时,并且
当存在这样的核苷酸引物时,其中所述的核苷酸引物包括具有在3’端 侧与F2区序列相同的序列和在5’端侧与F1区互补的序列的FIP引物、具 有与F3区序列相同的序列的F3引物、具有在3’端侧与B2c区互补的序列 和在5’端侧与B1c区序列相同的序列的BIP引物、以及具有与B3c区互补 的序列的B3引物,
引物组包含:
选自表2中所示引物组1-7中的FIP引物和BIP引物;
与自靶核酸的F2区5’端起60个碱基范围内的区域结合的F3引物; 和
与自靶核酸的B2c区3’端起60个碱基范围内的区域结合的B3引物。
2.根据权利要求1所述的核苷酸引物组,其特征在于FIP和BIP引物 选自表2中所示的引物组1、2、3、4和6。
3.根据权利要求1所述的核苷酸引物组,其特征在于FIP和BIP引物 是表2中所示引物组2的引物。
4.检测SAA1基因单核苷酸多态性C-13T的基因型的方法,其特征在 于包括步骤:
通过使用根据权利要求1所述的核苷酸引物组扩增靶核酸而获得扩增 产物;和
测定并比较在扩增产物中含有的野生型扩增产物和变异型扩增产物的 量。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于
通过固定在支持物(1,11)上的核苷酸探针与扩增产物的杂交及随后确 定与核苷酸探针结合的扩增产物的量来测定扩增产物,并且
核苷酸探针包括与野生型扩增产物互补的野生型核苷酸探针和与变异 型扩增产物互补的变异型核苷酸探针。
6.根据权利要求5所述的方法,其特征在于野生型核苷酸探针具有 Tm值63-77℃,变异型核苷酸探针具有Tm值63-74℃,并且单核苷酸多 态性C-13T位点位于自分别的核苷酸探针的末端起3个或多个碱基的内 侧。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于野生型核苷酸探针具有 Tm值70-74℃并且变异型核苷酸探针具有Tm值68-74℃。
8.根据权利要求5所述的方法,其特征在于野生型核苷酸探针具有 SEQ ID No.28、29或30的序列或与其互补的序列,并且变异型核苷酸探 针具有SEQ ID No.33、34或35的序列或与其互补的序列。
9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于野生型核苷酸探针具有 SEQ ID No.28的序列或与其互补的序列,并且变异型核苷酸探针具有SEQ ID No.33的序列或与其互补的序列。
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