[发明专利]用于检测血清淀粉状蛋白A1(SAA1)的基因型的核苷酸引物组和核苷酸探针

说明书

发明背景

本发明涉及用于检测血清淀粉状蛋白A1(SAA1)基因中单核苷酸多态 性的基因型的核苷酸引物组和检测探针。

淀粉状蛋白病是涉及引起各个器官功能障碍的称作淀粉状蛋白的纤维 状异常蛋白在体内累积的疾病。这是一种高死亡率疾病，对其没有已建立 的基本疗法。近来的研究表明有可能通过检查血清淀粉状蛋白A1(SAA1) 基因上游区中C-13T的多态性以及外显子3区中C2995T和T3010C的多 态性而预测发生淀粉状蛋白病的倾向。还有可能通过确定SAA1基因的基 因型而实施对相应患者制定的药物施用及治疗。

单核苷酸多态性通常通过用聚合酶链反应(PCR)方法扩增靶核苷酸并 用特异性探针检测野生型扩增产物及变异型扩增产物而进行检测(见参考 文献“Jain K.K.，Amplicip CYP450的应用，Mol Diagn.9，119-27 (2005)”)。然而，PCR方法具有缺点，如包括核苷酸提取在内的复杂的预 处理操作、需要复杂的温度调节装置如热循环仪以及2小时或更多小时的 较长反应时间。PCR方法的扩增产物是双链，并且因此存在当互补链在检 测期间作为探针的竞争物发挥作用时，互补链降低检测敏感性的问题。已 经研究了将扩增产物转化成单链的多种方法，例如通过使用酶或磁珠使互 补链分解或分离，但这些方法也有操作复杂和昂贵的问题。

发明简述

根据本发明的一个方面，提供了用于LAMP扩增的核苷酸引物组， 其用于检测SAA1基因的单核苷酸多态性C-13T的基因型，其中当靶核苷 酸从5’端依次具有F3区、F2区和F1区并且从3’端依次具有B3c区、B2c 区和B1c区时，并且当存在这样的核苷酸引物时，其中所述的核苷酸引物 包括具有在3’端侧与F2区序列相同的序列和在5’端侧与F1区互补的序列 的FIP引物、具有与F3区序列相同的序列的F3引物、具有在3’端侧与 B2c区互补的序列和在5’端侧与B1c区序列相同的序列的BIP引物、以及 具有与B3c区互补的序列的B3引物，其中该引物组包含：选自表2中所 示引物组1-7中的FIP引物和BIP引物；与自靶核苷酸的F2区5’端起60 个碱基范围内的区域结合的F3引物；和与自靶核苷酸的B2c区3’端起60 个碱基范围内的区域结合的B3引物。

表2中所示的引物组1-7是下列引物组：

引物组1：SEQ ID No.1的FIP引物和SEQ ID No.2的BIP引物，

引物组2：SEQ ID No.1的FIP引物和SEQ ID No.3的BIP引物，

引物组3：SEQ ID No.1的FIP引物和SEQ ID No.5的BIP引物，

引物组4：SEQ ID No.1的FIP引物和SEQ ID No.6的BIP引物，

引物组5：SEQ ID No.1的FIP引物和SEQ ID No.7的BIP引物，

引物组6：SEQ ID No.1的FIP引物和SEQ ID No.10的BIP引物，和

引物组7：SEQ ID No.13的FIP引物和SEQ ID No.3的BIP引物。

根据本发明的另一个方面，提供了用于LAMP扩增的核苷酸引物组， 用于检测SAA1基因的单核苷酸多态性C2995T和/或T3010C的基因型， 其中该引物组包含：选自表3中所示引物组1-4中的FIP引物和BIP引物； 与自靶核苷酸的F2区5’端起60个碱基范围内的区域结合的F3引物；和 与自靶核苷酸的B2c区3’端起60个碱基范围内的区域结合的B3引物。

表3中所示的引物组1-4如下：

引物组1：SEQ ID No.19的FIP引物和SEQ ID No.20的BIP引物，

引物组2：SEQ ID No.21的FIP引物和SEQ ID No.20的BIP引物，

引物组3：SEQ ID No.22的FIP引物和SEQ ID No.20的BIP引物， 和

引物组4：SEQ ID No.23的FIP引物和SEQ ID No.20的BIP引物。

根据本发明的另一个方面，提供了检测SAA1基因单核苷酸多态性 C-13T、C2995T或T3010C的基因型的方法，包括步骤：通过使用核苷酸 引物组扩增靶核苷酸而得到扩增产物；并且测定和比较在扩增产物中含有 的野生型扩增产物及变异型扩增产物的量。