[发明专利]分支杆菌的鉴定方法

权利要求书

1.一种分支杆菌的鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：

a)获取多种分支杆菌的多个标准rDNA序列，以生成分支杆菌序列数据库；

b)对所述多个标准rDNA序列进行比对，得到这些rDNA序列共有的保守区段；

c)根据所述保守区段制备一对PCR引物；

d)使用所述PCR引物对待测分支杆菌的DNA溶液进行PCR扩增，从而得到所述待测分支杆菌的扩增产物；

e)对所述扩增产物进行测序反应，得到测序产物；

f)对所述测序产物进行测序分析，得到待测分支杆菌的rDNA序列；

g)通过比较所述待测序列和所述分支杆菌序列数据库中的标准序列，确定所述待测分支杆菌的类型。

2.如权利要求1所述的分支杆菌的鉴定方法，其特征在于，步骤c)中，所述制备包括使得所述引物的3‘端的碱基与所述多种分支杆菌的rDNA序列匹配。

3.如权利要求2所述的分支杆菌的鉴定方法，其特征在于，所述一对PCR引物包括上游PCR引物agagtttgatcctggctcag和下游PCR引物ttgtcgcgttgttcgtgaaa。

4.如权利要求1所述的分支杆菌的鉴定方法，其特征在于，步骤(d)中，还包括对所述扩增产物进行纯化。

5.如权利要求1所述的分支杆菌的鉴定方法，其特征在于，步骤(e)中，将所述上游PCR引物的浓度稀释到1uM，对所述纯化产物进行测序反应。

6.如权利要求5所述的分支杆菌的鉴定方法，其特征在于，步骤e)中，还包括对所述经测序反应的扩增产物进行乙醇沉淀。

7.如权利要求6所述的分支杆菌的鉴定方法，其特征在于，步骤e)中，还包括对所述经乙醇沉淀的扩增产物进行甲酰胺变性。

8.如权利要求7所述的分支杆菌的鉴定方法，其特征在于，步骤f)中，通过毛细管电泳进行所述测序分析，得到所述待测分支杆菌的测序图谱。

9.如权利要求8所述的分支杆菌的鉴定方法，其特征在于，步骤f)还包括将所述测序图谱转换为与所述分支杆菌序列数据库中的标准rDNA序列的格式相同的格式。

10.如权利要求1所述的分支杆菌的鉴定方法，其特征在于，步骤g)包括如下步骤：

(1)获得所述分支杆菌序列数据库中与所述对待测序列最匹配的所述标准序列；

(2)获得待测序列与标准序列的共享碱基的百分比，所述百分比定义为匹配度；

(3)根据所述匹配度对所述分支杆菌序列数据库中的标准序列进行序，匹配度排序第一的序列判定为待测分支杆菌的类型。

11.如权利要求10所述的分支杆菌的鉴定方法，其特征在于，步骤(3)还包括获得相邻两位匹配度排序的两条标准序列共享碱基数的差，所述差定义为确信度；并且根据所述确信度对所述匹配度进行校正。