[发明专利]一种细菌阿魏酸脱羧酶基因及其晶体结构

权利要求书

1、一种细菌阿魏酸脱羧酶基因，其特征在于阿魏酸脱羧酶编码基因的核苷酸序列如下：

aattaatcta aaatttggat gaatttgatt caaacatagc gttattcatt cgttttttga     60

aggaataaga tcgtctcatc aaaacaaagg agacatctta tgaacacctt cgacaaacat     120

gatttaagcg gcttcgtcgg caaacatctg gtttatacct acgataacgg ctgggaatat     180

gaaatttacg tcaaaaacga aaacaccctc gactaccgta ttcacagcgg cctggtcggc     240

aaccgctggg tgaaagacca gcaggcgtac atcgtccgcg ttggggagag catctataaa     300

atctcctgga ccgagcccac cggcaccgac gtgagcctga ttgtgaacct gggtgacagc     360

ctgttccacg gcacgatctt cttcccgcgc tgggtaatga acaatccgga aaaaaccgtc     420

tgcttccaga acgatcacat tccgttgatg aatagctatc gcgatgcggg cccggcatat     480

ccaaccgaag tgattgatga atttgccact attacttttg ttcgcgactg cggtgccaac     540

aatgaaagcg ttatcgcgtg cgctgccagt gaacttccaa aaaactttcc tgataattta     600

aaataagcgc gacaattaac taaaaagaaa agttcccggc ccatttcata tttattcgaa     660

atggtcggga atttttttgt ttgttgatgt ttggtttaga taaaaagcgc gttaacggtg     720

agcgtaatca caaaacaaat aattcataat ttaataacgc tttgattatt aattggtttt    780

2、一种细菌阿魏酸脱羧酶晶体结构，其特征为：阿魏酸脱羧酶的单体结构的分辨率为呈圆筒形，总尺寸为由9股β折叠股、2个α螺旋和3段η螺旋构象构成；每一个单体分子又分为三部分即：中心部分、螺旋状的底部和C末端延伸；其中，中心部分从β折叠股1到β折叠股8和β折叠股9，这九股反平行的β折叠股环绕形成了末端开口的β桶状结构；螺旋状底部由α螺旋构象1、α螺旋构象2和η螺旋构象1、η螺旋构象2构成；C末端延伸是位于β折叠股9之后的一段长卷曲，其中η螺旋构象2位于卷曲的中部。

3、权利要求2所述的细菌阿魏酸脱羧酶晶体结构，其特征在于细菌阿魏酸脱羧酶的底物结合位点为：底物类似物阿魏酸钠结合到阿魏酸脱羧酶β桶状结构中心的中部和螺旋状的底部；在它半开式的底部，β折叠股8、β折叠股9和位于β折叠股1和β折叠股2、β折叠股3和β折叠股4之间的发夹结构构成的残基形成了一个相对疏水的底物结合口袋；位于β折叠股1和β折叠股2、β折叠股3和β折叠股4之间的发夹结构在底物结合口袋的前面担当了两扇门板的作用，我们在此将其命名为门板1和门板2；位于第25位的色氨酸担当了门锁的功能；在底物结合口袋关闭的状态下，门板1和门板2朝向β折叠股9移动约将口袋关闭并且将底物与接触反应的中心隔开；在底物结合口袋开启的状态下，门板1门板2移开将口袋从关闭的形式变为开放的形式；在开放的状态下，底物结合中心形成一个的口袋，有利于底物进入活性中心。