[发明专利]确定癌症对组蛋白脱乙酰酶抑制剂的抗性的方法

权利要求书

1.核酸探针在制备用于将患者中的癌症分类为对3-((二甲基氨基)甲 基)-N-(2-(4-羟基氨甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺敏感的核酸杂交阵列 中的用途，其中所述核酸杂交阵列中包含的所述核酸探针在高严格杂交条件下 与4-44种生物标志基因杂交，其中所述4-44种生物标志基因选自PTPN3、 ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、 GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、 SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、 TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、 ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。

2.根据权利要求1所述的用途，其中所述4-44种生物标志基因中的至少一 种选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、 TM4SF3、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。

3.根据权利要求1所述的用途，其中所述4-44种生物标志基因包括DEFA6、 ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF3、PTPN3、 EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。

4.根据权利要求1所述的用途，其中所述4-44种生物标志基因包括DEFA6、 RAB25、TM4SF4或IL18中的至少一种。

5.根据权利要求1所述的用途，其中所述4-44种生物标志基因包括DEFA6、 ITGB4、TM4SF3、SYK、PPAP2C和RAB25。

6.根据权利要求1所述的用途，其中所述4-44种生物标志基因是DEFA6、 RAB25、TM4SF4和IL18。

7.根据权利要求1所述的用途，其中所述癌症是结肠癌。

8.根据权利要求1所述的用途，其中该用途包括：

(a)测定所述癌症中的所述生物标志基因的表达水平；

(b)将所述癌症中的所述生物标志基因的表达水平与所述生物标志基因的一 组表达水平阈值相比较；和

(c)如果所述生物标志基因的表达水平低于所述一组表达水平阈值，则表明 所述癌症对3-((二甲基氨基)甲基)-N-(2-(4-羟基氨甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃 -2-甲酰胺是敏感的。

9.根据权利要求1所述的用途，其中该用途增加用3-((二甲基氨基)甲 基)-N-(2-(4-(羟基氨甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺进行治疗有效的癌 症治疗的可能性。

10.根据权利要求1所述的用途，其中该用途包括将所述癌症中的所述4-44 种生物标志基因的表达水平与一组源于先前已被确定对3-((二甲基氨基)甲 基)-N-(2-(4-(羟基氨甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺有抗性的癌细胞的 所述生物标志基因的表达水平阈值相比较。

11.根据权利要求1所述的用途，其中该用途包括将所述癌症中的所述4-44 种生物标志基因的表达水平与一组源于先前已被确定对3-((二甲基氨基)甲 基)-N-(2-(4-(羟基氨甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺敏感的癌细胞的所 述生物标志基因的表达水平阈值相比较。