[发明专利]确定癌症对组蛋白脱乙酰酶抑制剂的抗性的方法

说明书

相关申请

本申请要求2007年1月30日提交、标题为“确定癌症对组蛋白脱乙酰酶抑制剂的抗性的方法”的美国临时专利申请第60/887,318号，和2007年4月13日提交、标题为“确定癌症对组蛋白脱乙酰酶抑制剂的抗性的方法”的美国临时专利申请第60/911,855号的权益，这两个申请的内容都在此引入其全部作为参考。 

发明背景

在不同患者中，相同类型的癌症(如结肠癌)对给定抗癌化合物的高度异质性反应是最使人烦恼和可悲的现代医学问题之一。广泛地认为，人类遗传和外遗传多样性引起对化学治疗反应的多种变化。因此，一直在进行努力以便在人类群体中识别癌症对特定治疗剂的抗性和敏感性的分子遗传相关物(也就是分子标签)。期望这种努力会最终使医生能够预先确定患者的癌症可以用特定的抗癌化合物有效治疗的可能性。 

发明概述

在本文中描述了将患者中的癌症分类为对组蛋白脱乙酰酶抑制剂(HDACi)化合物具有抗性或敏感性的方法和组合物，所述分类如下实施：(i)将至少四种生物标志基因的表达水平与在已知对HDACi化合物有抗性的癌细胞中被确定的第一组生物标志基因表达水平值相比较，或者将所述表达水平与在已知对HDACi化合物敏感的癌细胞中被确定的第二组生物标志基因表达水平值相比较，和(ii)如果所述生物标志基因表达水平明显低于所述第一组表达水平值，则表明癌症对HDACi化合物是敏感的，或者如果所述生物标志基因表达水平高于所述第二组表达水平值，则表明癌症对HDACi化合物具有抗性。所涉及 的生物标志基因包括PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。