[发明专利]用于预测结肠直肠腺癌细胞的存在的方法和工具

说明书

发明领域

本发明涉及用于肿瘤诊断，更具体而言用于检测结肠直肠腺癌的 存在的方法。本发明进一步提供了用于执行这些方法的引物和探针。

发明背景

胃肠道的结肠直肠部分的癌症是频繁发生的病症。在第一个阶段， 良性肿瘤(腺瘤)发生，这可以变成恶性癌症(腺癌)。并非所有腺 瘤都进展至癌。事实上这种进展至癌仅在小部分肿瘤中发生。基因组 不稳定性的起始是关键步骤，并且在结肠直肠癌中以两种方式发生 (Lengauer等人(1998)Nature，396，643-649)。导致微卫星不稳 定性(缩写为MSI或MIN)的DNA错配修复缺陷已得到最广泛的研究(di Pietro等人(2005)Gastroenterology，129，1047-1059)，但仅解 释了约15％的腺瘤进展至癌。在结肠直肠腺瘤进展至癌的其他85％的 病例中，基因组不稳定性在染色体水平(CIN)上发生，产生非整倍性。 尽管长期以来这些染色体异常已视为继发于癌症发展的随机噪声，但 目前已充分确定这些DNA拷贝数变化以特定模式发生，并且与不同临 床行为相关(Hermsen等人(2002).Gastroenterology 123， 1109-1119)。在结肠直肠癌中经常报告的染色体异常是7pq、8q、13q、 20q获得和4pq、5q、8p、15q、17p、18q缺失。显示8q、13q和20q 获得以及8p、15q、17p和18q缺失与结肠直肠腺瘤进展至癌相关(上 文引用的Hermsen等人(2002)。染色体臂20q的获得是在结肠直肠 癌中观察到的最常见的获得，在超过65％的病例中改变(Meijer等人 (1998)J.Clin.Pathol.51，901-909)。在20q特别是区域20q12-q13 上的获得在其他类型的实体肿瘤中也常常得到描述，并且已与胃和结 肠直肠癌的不良结局相关。检测这些染色体异常的方法一般基于比较 基因组杂交(CGH)。Rooney等人(2004 J.Pathol.204，282-288) 描述了定性PCR的使用，以检测结肠癌中的基因ZNF217的基因复制。

在尽可能早的阶段中鉴定上述腺瘤至腺癌的进展具有最大限度的 临床重要性，以允许癌的早期治疗，同时避免不需要的手术干预。理 想地，可以在恶性细胞的存在通过活组织检查物或切除材料的原位光 学分析或显微镜分析无法检测的阶段时鉴定腺癌。

发明概述

本发明涉及用于癌症诊断，更具体而言用于鉴定结肠和/或直肠中 的腺癌的存在的方法和工具。更具体而言，本发明提供了具有增加的 灵敏度和可靠性、允许差异检测癌的方法和工具。

腺瘤可能发展或不发展成腺癌。然而，本发明的优点是基于这些 细胞的差异遗传构成，在非常早的阶段时检测例如腺瘤内的恶性结肠 直肠腺癌细胞。这种筛选可以使用非常灵敏的技术来进行，从而使得 可以检测仅少量癌细胞的存在。这允许在癌细胞可以通过回波描记术、 射线照相术或MRI(磁共振成像)检测的阶段前鉴定癌细胞的存在，并 且允许检测无需活组织检查或切除术就可以获自结肠的材料(例如粪 便)中的腺癌细胞。

本发明基于结肠直肠腺瘤至腺癌的进展与腺瘤细胞染色体内至少 一个染色体获得或缺失区域的出现相关的发现。因此，本发明的目的 在于通过直接或间接分析方法通过检测这些获得或缺失而精确地检测 癌细胞的存在。

在本发明的一个方面，提供了基于检测包含与从结肠直肠腺瘤进 展到腺癌相关的染色体获得或缺失的遗传物质的存在，检测患者中的 结肠直肠腺癌细胞的存在的方法。

更具体而言，提供了用于检测患者中的结肠直肠腺癌细胞的存在 的体外方法，所述方法包括检测患者的测试样品的基因组DNA中一个 或多个最小重叠区域(SRO)的获得或缺失的存在的步骤，其中包含一 个或多个SRO的获得或缺失的遗传物质的存在指示患者中结肠直肠腺 癌细胞的存在。更具体而言，在本发明的方法中，一个或多个SRO选 自：

-染色体8上的SRO_8p_1、SRO_8p_2、SRO_8p_3和SRO_8p_4， 和/或

-染色体8上的SRO_8q_1、SRO_8q_2、SRO_8q_3、 SRO_8q_4、SRO_8q_5和SRO_8q_6，和/或