[发明专利]用于对多发性硬化症患者的样品进行分类的工具和方法

说明书

干扰素(IFN)是由免疫系统响应于外来试剂例如病毒、细菌、寄生虫和肿瘤细胞的攻击而产生的天然蛋白质。当今，干扰素被批准用于治疗恶性肿瘤例如多毛细胞白血病，恶性黑素瘤，和与AIDS相关的卡波西肉瘤；慢性乙型和丙型肝炎；多发性硬化症；尖锐湿疣，由人乳头瘤病毒(HPV)感染引起的生殖器和肛周疣；慢性肉芽肿病；肾细胞癌(RRC)；和严重的恶性骨硬化病。临床试验正在进行或者已完成，以显示对于其他恶性肿瘤、由病毒介导的疾病和自身免疫相关疾病(例如类风湿性关节炎)来说包含干扰素的治疗的临床益处。

多发性硬化症(MS)是特征在于进行性神经功能障碍的中枢神经系统的常见炎性疾病。该疾病具有异质性质，这反映在从轻微到严重的脱髓鞘性疾病的临床表现中。目前还没有可用的治愈性疗法，并且大多数患病个体最终残疾(1)。

IFN是在复发性弛张性MS(RRMS)中显示出临床功效的第一试剂。干扰素β(IFNβ)减少临床复发，降低脑疾病活动性，和可能延缓残疾的进展。然而，疗法与许多不利反应相联系，包括流感样症状和短暂的实验室异常。此外，对IFNβ的应答是部分的，即疾病活动性仅被抑制了大约三分之一(2)。临床经验暗示，存在有IFN“应答者”以及“无应答者”(3；4)。在预测性的生物标志物不存在的情况下，就有这样的问题，即谁将对疗法作出应答，以及当不便和成本具有重要意义时治疗谁。

对IFNβ的无应答性的一部分可以通过免疫原性来解释。响应于IFN治疗而形成的抗体已被表征为结合抗体或中和抗体。然而，因为并非所有患者形成中和抗体(Nab)，并且如果被诱导，Nab随着时间过去而出现(5-8)，所以可能牵涉其他机制来解释无应答性。

在正常生理学中，IFN通过下列方式来产生其生物学效应：与细胞表面上的多亚基受体IFNAR-1和-2结合，从而起始在两个分歧途径中出现的细胞内第二信使的复杂级联。一个途径导致转录因子ISGF3(IFN-刺激的基因因子(IFN-stimulated gene factor)3)的激活，所述ISGF3是磷酸化的信号转导及转录激活蛋白(Signal Transducer andActivator of Transcription，STAT)2与STAT1和IFN调节因子9(IFNregulatory factor 9，IRF-9；p48)的复合物，其与在多个基因中存在的IFN-刺激的应答元件(IFN-stimulated response element，ISRE)结合(9；10)。另一个途径牵涉STAT2/1和STAT2/3异二聚体以及STAT1同二聚体(IFNα-激活的因子(IFNalpha-activated factor)，AAF)，其与IFNγ-激活的序列(IFN gamma-activated sequence，GAS)应答元件结合(10-13)。最终，由IFN诱导的ISRE和GAS增强子元件的激活开启了广泛多样的基因(14)，从而导致特定的转录变化。

存在有对于开发出这样的生物标志物的明确需要，所述生物标志物允许根据对I型干扰素作出应答的可能性来对细胞进行分类。

本发明提供了用于对来自人个体的细胞进行分类的方法，所述方法包括提供包含来自所述个体的细胞的样品，所述细胞通常对暴露于I型干扰素作出响应；测定由1型干扰素调节的途径的活性水平；和基于所测定的活性水平来对所述细胞进行分类。优选的是，所述途径包括激活途径，由此所述激活途径包括基因的转录激活。本发明的重要应用是确定用I型干扰素治疗所述个体是否可能是成功的。具有被分类为不良的应答者的细胞的个体可能不会良好地对用I型干扰素进行的治疗作出应答。

优选的根据本发明的方法进一步包括在测定所述途径的活性水平之前，在I型干扰素存在下培养所述细胞。

在一个优选的实施方案中，所述个体患有自身免疫疾病或者处于患自身免疫疾病的危险中。术语“自身免疫疾病”是指这样的疾病，所述疾病的特征在于针对一般存在于体内的抗原或者模拟了一般存在于体内的物质的抗原的免疫应答。典型的自身免疫疾病包括多发性硬化症(MS)、克罗恩病和类风湿性关节炎。