[发明专利]找出成对的同位素组无效

专利信息
申请号: 200880024770.2 申请日: 2008-06-04
公开(公告)号: CN101743604A 公开(公告)日: 2010-06-16
发明(设计)人: A·邦达连科;A·斯波里多诺夫;L·翁 申请(专利权)人: 微软公司
主分类号: H01H13/00 分类号: H01H13/00
代理公司: 上海专利商标事务所有限公司 31100 代理人: 张欣;钱静芳
地址: 美国华*** 国省代码: 美国;US
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摘要:
搜索关键词: 找出 成对 同位素
【说明书】:

背景

同位素标记是在各种分子或原子水平用同位素来观察生物样品的两种技术中的一种。一种技术使用放射性同位素。另一种技术涉及丰度较低的非放射性或稳定的同位素。观察可通过使用诸如质谱仪等设备来测量稳定的同位素的相对丰度来进行,质谱仪是确定在正在分析的生物样品中的各种稳定的同位素的相对量的设备。

概述

提供本概述是为了以简化的形式介绍将在以下详细描述中进一步描述的一些概念。本概述并不旨在标识所要求保护的主题的关键特征,也不旨在用于帮助确定所要求保护的主题的范围。

根据本发明,提供了一种方法、一种计算机可读介质和一种系统。本发明的一种方法形式包括一种用于找出生物样品中的成对特征的方法。该方法包括从实验中形成合成图像,在该实验中将对照样品和与该对照样品具有跟踪关系的处理样品放在一起作为制备样品,而不必标识特征的核酸序列。该方法还包括从合成图像中找出感兴趣的特征对,一对感兴趣的特征中的一个成员根据跟踪关系来与该对中的另一成员相关联,该跟踪关系描述用于找出合成图像上的对中的两个成员的约束。

根据本发明的另一方面,本发明的计算机可读介质形式包括一种其上存储有计算机可执行指令的计算机可读介质,该指令用于实现一种用于找出生物样品中的成对特征的方法。该方法包括从实验中形成合成图像,在该实验中,将对照样品和与该对照样品具有跟踪关系的处理样品放在一起作为制备样品,而不必标识特征的核酸序列。该方法还包括从合成图像中找出感兴趣的特征对,一对感兴趣的特征中的一个成员根据跟踪关系来与该对中的另一成员相关联,该跟踪关系描述用于在合成图像上找出该对中的两个成员的约束。

根据本发明的另一方面,本发明的系统形式包括一种用于找出感兴趣的成对特征的系统。该系统包括色谱和质谱仪的集合,其用于接收一起提交对照样品和处理样品以供处理的制备样品。该系统还包括图像处理流水线,其用于在制备样品上提取特征并计算特性创建来自制备样品的合成图像并处理该合成图像。该系统还包括成对特征处理器,其用于处理来自合成图像的特征以找出根据一定关系彼此相关联的感兴趣的特征对,而不必首先标识特征的核酸序列。

附图描述

当结合附图参考以下详细描述时,可以更容易领会并更好地理解本发明的上述方面和许多附加的优点,附图中:

图1是示出用于找出具有定义其配对的关系的生物样品的成对特征的示例性系统的框图;

图2是示出用于找出具有定义其配对的关系的生物样品的成对特征的示例性成对特征处理器的框图;

图3是示出由标签分隔的同位素组的示例性图的图示,x轴表示保留时间而y轴表示电荷质量;

图4A-4C是示出根据本发明的各实施例的、示出与同位素标记相关的偏差及其消除或减少的示例性图的图示;以及

图5A-5K是示出用于根据关系来找出生物样品中的感兴趣的成对特征的示例性方法的过程图。

详细描述

如将阐明的,本发明的各实施例认识到标识特征的问题,诸如在发现由于实验或生物关系而相关联的特征对之前确定确切的蛋白质序列。同样,本发明的各实施例使用从作为制备样品提交给液相色谱/质谱(LC/MS)仪的多个样品或者从多个副本中形成的合成图像来更好地减少噪声并更好地检测具有弱表达的特征。此外,本发明的各实施例允许反向同位素标记以限制或减少与同位素标记过程相关的偏差。

图1中示出系统100,该系统从生物样品中发现感兴趣的成对特征。一般而言,实验可归结为两样东西之间的比较:对照样品和处理样品;未患病样品和患病样品;健康样品和患病样品;等等。在蛋白质组实验中,科学家期望知道蛋白质对于引入条件是否具有不同作用。在代谢实验中,科学家期望知道代谢物对于引入条件是否具有不同作用。存在能够适当地利用本发明的各实施例来更好地理解药物疗法、治疗结果和毒性风险的许多其他类型的实验。

本发明的各实施例允许在不必首先标识特征的情况下找出生物样品中的成对特征。在配对后,各实施例允许差异地或非差异地表达的特征继续至靶向标识。即使先前未标识现在已配对的那些特征可被发送到串联质谱仪或其他类型的设备以便标识肽(或蛋白质)序列或代谢物。在肽、蛋白质或代谢物标识(或其他生物标识)之后,这些特征可由肽序列、蛋白质序列或代谢物信息(或其他生物信息)来注释。

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