[发明专利]用于微阵列制备的基于3′的测序方法

权利要求书

1.设计核酸微阵列的方法，所述方法包括：

从组织样品中分离RNA；

从转录本的3′-末端对组织样品中的转录本测序，直到基本上所有转录本都进行了测序，从而获得所述转录本的3′-最末端序列；

使用所述序列设计用于微阵列的探针；和

制备微阵列，所述微阵列具有针对组织样品中转录本的3′-最末端的探针。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述转录本的3′-最末端包含所述转录本最靠近3′-末端的300个碱基对。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述转录本的3′-最末端包含所述转录本最靠近3′-末端的400个碱基对。

4.如权利要求1所述的方法，其中所述转录本的3′-最末端包含所述转录本最靠近3′-末端的500个碱基对。

5.如权利要求1所述的方法，其中所述转录本的3′-最末端包含所述转录本最靠近3′-末端的200个碱基对。

6.如权利要求1所述的方法，其中所述转录本的3′-最末端包含所述转录本最靠近3′-末端的100个碱基对。

7.组织特异性或疾病特异性微阵列，其包含针对转录本3′-最末端的探针。

8.如权利要求7所述的微阵列，其中所述探针针对特异于特定组织或疾病状态的聚腺苷酸化位点。

9.如权利要求7所述的微阵列，其中所述转录本的3′-最末端包含所述转录本最靠近3′-末端的300个碱基对。

10.如权利要求7所述的微阵列，其中所述转录本的3′-最末端包含所述转录本最靠近3′-末端的400个碱基对。

11.如权利要求7所述的微阵列，其中所述转录本的3′-最末端包含所述转录本最靠近3′-末端的500个碱基对。

12.如权利要求7所述的微阵列，其中所述转录本的3′-最末端包含所述转录本最靠近3′-末端的200个碱基对。

13.如权利要求7所述的微阵列，其中所述转录本的3′-最末端包含所述转录本最靠近3′-末端的100个碱基对。

14.使用权利要求7-13中任一项所述的微阵列分析组织表达谱的方法，所述方法包括：

在样品中的核酸靶标与所述阵列上的探针特异性杂交的条件下，使来自组织的核酸样品与所述阵列接触；

洗涤除去所述微阵列上的未结合核酸靶标；和

检测与所述微阵列结合的靶标，

其中与所述微阵列结合的靶标的存在表明基因在所述组织中表达。

15.如权利要求14所述的方法，其中所述组织包括患病组织。

16.如权利要求14所述的方法，其中所述患病组织为癌症组织。

17.如权利要求14所述的方法，其中所述癌症选自白血病、脑癌、前列腺癌、肝癌、卵巢癌、胃癌、结肠直肠癌、喉癌、乳癌、皮肤癌、黑色素瘤、肺癌、肉瘤、宫颈癌、睾丸癌、膀胱癌、内分泌癌、子宫内膜癌、食道癌、胶质瘤、淋巴瘤、成神经细胞瘤、骨肉瘤、胰腺癌、垂体癌或肾癌。