[发明专利]用于扩增核酸的方法和组合物

说明书

相关申请的交叉参考

本申请依据35U.S.C.§119(e)要求2007年6月18日申请的美国专利申请号60/944,708的优先权，该专利申请通过引用结合到本文中。

发明领域[0001]本发明的公开内容涉及用于核酸序列扩增的方法和组合物。

导言

来自犯罪现场或其它非无菌环境的DNA样品的聚合酶链式反应(PCR)扩增可被样品自身中存在的抑制因子影响。例如，户外犯罪可能留下体液，例如沉积在土壤、沙地或林木上的血液和精液，其可以含有可与样品的DNA共提取并阻止PCR扩增的物质。来自室内犯罪现场的纺织染料、皮革和木制品也可能含有DNA聚合酶抑制因子。扩增含有抑制因子的DNA样品的最终结果可能是在短串联重复序列(STR)复合体中部分乃至完全缺失等位基因。

发明概述

在某些方面，本发明提供一种用于扩增人类法医样品中的靶核酸序列的方法。所述方法包括提供含有靶核酸序列的人类法医样品；将至少一种高稳定性引物和靶核酸序列混合，其中所述高稳定性引物包含至少一种高稳定性核酸类似物；并对样品实施扩增反应，由此通过高稳定性引物扩增靶核酸序列。

在某些方面，本发明提供一种扩增样品中的核酸序列的方法。所述方法包括提供含有靶核酸序列的样品，其中所述靶核酸序列包含短串联重复序列；将至少一种高稳定性引物和靶核酸序列混合，其中所述高稳定性引物包含至少一种高稳定性核酸类似物，其中所述高稳定性引物以允许短串联重复序列扩增的方式与靶核酸序列特异性杂交；并对样品实施扩增反应，由此通过高稳定性引物扩增靶核酸序列。

在某些方面，本发明提供一种用于PCR反应的试剂盒。所述试剂盒包括三磷酸脱氧核苷酸；荧光标记引物；非标记引物，其中至少一种引物是高稳定性引物，其中所述高稳定性引物包含至少一种高稳定性核酸类似物；装有等位基因分型标准物(an allelic ladder)的容器，所述等位基因分型标准物对应于适于同短串联重复序列分析比较的大小；和DNA聚合酶。

在某些方面，本文提供用于PCR反应的试剂盒。所述试剂盒包括三磷酸脱氧核苷酸、荧光标记引物、含有至少一种高稳定性核酸类似物的高稳定性引物和DNA聚合酶。

在某些方面，本发明提供一种用于人类鉴定的引物。所述引物具有与选自以下的至少一个基因座的序列互补的序列：CSF1PO、FGA、TH01、TPOX、vWA、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D21S11、D19S433和D2S1338，其中所述引物中的至少一个核酸为高稳定性核酸类似物。

在某些方面，本发明提供一种鉴别某个体的靶核酸序列的方法。所述方法包括提供一种样品，其中所述样品处于被认为被可以抑制核酸扩增的组分污染的位置，其中所述样品包含来自个体的靶核酸序列。所述方法进一步包括使用至少一种高稳定性引物扩增个体的靶核酸序列，其中所述高稳定性引物包含至少一种高稳定性核酸类似物，其中所述引物可以扩增选自以下的至少一个基因座的序列：CSF1PO、FGA、TH01、TPOX、vWA、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D21S11、D19S433、D2S1338或其某些组合，其中所述引物进一步包含迁移率调节物。所述方法进一步包括表征扩增的靶核酸序列，由此鉴定扩增的靶核酸序列。

在某些方面，本发明提供一种扩增样品中的核酸序列的方法。所述方法包括提供包含靶核酸序列和PCR抑制因子的样品；混合至少一种高稳定性引物和靶核酸序列，其中所述高稳定性引物包含至少一种高稳定性核酸类似物；并对所述样品实施扩增反应，由此通过高稳定性引物扩增靶核酸序列。

附图简述

图1显示了扩增靶核酸序列的某些示例性实施方案。

图2显示了扩增靶核酸序列的某些示例性实施方案。

图3A显示了扩增靶核酸序列的某些示例性实施方案。

图3B显示了扩增靶核酸序列的某些示例性实施方案。

图4显示了有或没有腐殖酸的珐琅蛋白(Amel)-LNA寡聚物的性能。

技术人员应当明白，提供附图仅是为了阐述目的。所述附图无意以任何方式限制本发明教导的范围。

多个实施方案的描述