[发明专利]拷贝数变化确定、方法和系统

权利要求书

1.用于确定受试者基因组中靶多核苷酸序列的相对拷贝数的方法，其 中所述方法用于非诊断目的，所述方法包括：

预扩增包含所述受试者基因组DNA的样品中的靶多核苷酸序列和参 考多核苷酸序列，从而在基因组上连接在一起的所述靶多核苷酸序列的多 拷贝被分别扩增；

通过数字PCR测定预扩增样品的靶多核苷酸序列和参考多核苷酸序 列；

确定(a)包含所述靶多核苷酸序列的扩增多核苷酸分子数和(b)包 含所述参考多核苷酸序列的扩增多核苷酸分子数并确定(a)与(b)的比。

2.权利要求1的方法，其中所述样品来自人。

3.权利要求1的方法，其中：(i)所述(a)与(b)的比是0.5且在 一个染色体上存在所述靶多核苷酸序列的缺失；或(ii)所述(a)与(b) 的比是1.5且在一个染色体上存在所述靶多核苷酸序列的复制。

4.权利要求1的方法，其中：

所述参考多核苷酸序列具有预确定基因组拷贝数N；

确定包含所述靶多核苷酸序列的扩增多核苷酸分子数包括确定其中存 在靶多核苷酸序列或其子序列的反应体积的数量A，

确定包含所述参考多核苷酸序列的扩增多核苷酸分子数包括确定其中 存在参考多核苷酸序列或其子序列的反应体积的数量B；和

所述基因组中的靶多核苷酸的相对拷贝数等于A/BxN。

5.权利要求4的方法，其中进行所述预扩增包括组合所述样品和组合 物，所述组合物包含特异于所述靶多核苷酸序列的引物和特异于所述参考 多核苷酸序列的引物，和进行聚合酶链反应(PCR)从而分别扩增靶多核 苷酸和参考多核苷酸，以产生对应于所述靶多核苷酸序列和所述参考多核 苷酸序列最初比例的成比例扩增。

6.权利要求4的方法，其中将所述反应体积置于微观流体装置中，且 所述预扩增在与所述微观流体装置分开的反应体积中进行。

7.权利要求4的方法，其中在通过数字PCR测定预扩增样品的靶多 核苷酸序列和参考多核苷酸序列前，所述预扩增的样品的全部或一部分与 为了定量扩增靶多核苷酸序列和参考多核苷酸序列而选择的试剂组合。

8.权利要求5的方法，其中在所述预扩增步骤中所用的特异于所述参 考多核苷酸序列的引物也用于通过数字PCR测定预扩增样品的所述参考 多核苷酸序列。

9.权利要求8的方法，其中在所述预扩增步骤中所用的特异于所述靶 多核苷酸序列的引物也用于通过数字PCR测定预扩增样品的所述靶多核 苷酸序列。

10.权利要求7的方法，其中所述试剂包括在适合于多核苷酸扩增的 条件下与靶多核苷酸序列选择性杂交的第一探针和与参考多核苷酸序列 选择性杂交的第二探针。

11.权利要求10的方法，其中所述第一探针和第二探针包括不同的能 够被检测的标记物，且其中当基于聚合酶链反应(PCR)聚合时，所述第 一探针或第二探针的结合，或所述第一探针或第二探针的降解导致各自能 够被检测的标记物的能够被检测的荧光的变化。

12.权利要求1的方法，其中所述参考多核苷酸序列包括至少部分编 码RNA酶P，β-肌动蛋白或GAPDH的多核苷酸序列。

13.权利要求1或2的方法，其中偏离数值1的靶多核苷酸序列与参 考多核苷酸序列的比显示患者基因组中异常的靶多核苷酸序列拷贝数。