[发明专利]核碱基表征有效
| 申请号： | 200880112225.9 | 申请日： | 2008-09-19 |
| 公开（公告）号： | CN101827949A | 公开（公告）日： | 2010-09-08 |
| 发明（设计）人： | 马克·布拉德利;胡安·J·迪亚斯-莫肖恩 | 申请（专利权）人： | 爱丁堡大学董事会 |
| 主分类号： | C12Q1/68 | 分类号： | C12Q1/68;C07D239/22;C07D473/02 |
| 代理公司： | 中科专利商标代理有限责任公司 11021 | 代理人： | 王旭 |
| 地址： | 英国*** | 国省代码： | 英国;GB |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 碱基 表征 | ||
1.修饰的碱基，选自由下列各项组成的组：
其中Y是能够可逆共价反应的官能团，所述能够可逆共价反应的官能 团选自由(i)醛类；和(ii)酮类组成的组；
X1是通过荧光显微镜检测的可检测标签；
X2-X4是可检测标签或间隔基-标签组合；以及
Z是碳或氮。
2.权利要求1所述的修饰的碱基，其中X2-X4的可检测标签是可光学 检测的标签或标记。
3.权利要求1所述的修饰的碱基，其中所述可检测标签是选自由丹磺 酰基、荧光素、罗丹明、得克萨斯红、IAEDANS、花菁染料Cy3、花菁染 料Cy3.5、花菁染料Cy5、花菁染料Cy5.5、花菁染料Cy7、Bodipy染料、 Alexa Fluor染料和SNARF染料组成的组中的一种或多种。
4.权利要求1所述的修饰的碱基，其中X2-X4的可检测标签是质量标 签。
5.表征核酸序列中的核苷酸的方法，所述方法包括以下步骤：
(a)将核酸与肽核酸(PNA)寡聚体接触以形成核酸/PNA双链体，所述 肽核酸寡聚体能够与所述核酸的一部分杂交并缺少与要表征的所述核苷 酸的碱基互补的碱基，其中所述肽核酸寡聚体包括能够与下述修饰的碱基 的官能团Y可逆地反应的部分；以及
(b)将所述核酸/PNA双链体与选自由下列各项组成的组的修饰的碱 基接触：
其中Y是能够可逆共价反应的官能团，所述能够可逆共价反应的官能 团选自由(i)醛类；和(ii)酮类组成的组；
X1-X4是可检测标签、间隔基-标签组合或氢；以及
Z是碳或氮；
其中与所述核酸/PNA双链体整合的所述修饰的碱基与要表征的所述 核苷酸的碱基是互补的，所述核苷酸通过质谱测定法被表征。
6.表征核酸序列中的核苷酸的方法，所述方法包括以下步骤：
(a)将核酸与肽核酸(PNA)寡聚体接触以形成核酸/PNA双链体，所述 肽核酸寡聚体能够与所述核酸的一部分杂交并缺少与要表征的所述核苷 酸的碱基互补的碱基，其中所述肽核酸寡聚体包括能够与下述修饰的碱基 的官能团Y可逆地反应的部分；以及
(b)将所述核酸/PNA双链体与选自由下列各项组成的组的修饰的碱 基接触：
其中Y是能够可逆共价反应的官能团，所述能够可逆共价反应的官能 团选自由(i)醛类；和(ii)酮类组成的组；
X1-X4是可检测标签或间隔基-标签组合；以及
Z是碳或氮；
其中与所述核酸/PNA双链体整合的所述修饰的碱基与要表征的所述 核苷酸的碱基是互补的，所述核苷酸通过所述修饰的碱基的可检测标签被 表征。
7.权利要求5或6所述的方法，其中所述表征核苷酸的方法用来表征 单核苷酸多态性。
8.权利要求5或6所述的方法，其中所述表征核苷酸的方法用来对核 酸测序。
9.权利要求6所述的方法，其中所述可检测标签通过质谱测定法或显 微镜检查法鉴定。
10.权利要求5或6所述的方法，其中所述核酸和/或PNA固定在支 持基体上或另外地与支持基体结合。
11.权利要求10所述的方法，其中所述核酸和/或PNA固定或结合为 阵列或微阵列。
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