[发明专利]在癌症患者中诊断性使用的方法和组合物

说明书

相关申请

本申请要求2007年11月9日提交的美国临时申请流水号60/986,884(通过述及将其完整内容收入本文)的优先权。

发明领域

本发明涉及对于监测用抗血管发生疗法治疗的癌症患者和预测临床结果有用的方法和组合物。

发明背景

癌症是对人类健康的最致命威胁之一。仅在美国，癌症每年影响近130万新患者，而且是位于心血管疾病之后的第二位死因，占4例死亡中的大约1例。实体瘤对大多数那些死亡负有责任。虽然某些癌症的医学治疗中已经取得了重大进步，但是所有癌症的总体5年存活率在最近20年里只改进了约10％。癌症(或称作恶性肿瘤)以不受控制的方式快速生长和转移，使得及时检测和处理极端困难。

根据癌症类型，患者通常有数个治疗选项可用，包括化疗、辐射和基于抗体的药物。对于预测不同治疗方案的临床结果有用的诊断方法会大大有利于这些患者的临床管理。数项研究探索了基因表达与特定癌症类型的鉴定(例如通过突变特异性测定法、微阵列分析、qPCR、等)的关联。此类方法对于患者所呈现的癌症的鉴定和归类可能是有用的。然而，关于基因表达对临床结果的预测或预后价值所知道的要少得多。

如此，需要客观的、可再现的方法来预测癌症患者的治疗结果(诸如无进展存活)或监测此类治疗的进展并由此为每位患者选择最佳的治疗方案。

发明概述

本发明的方法可以在多种设置中利用，包括例如帮助治疗癌症患者的方法或药物开发过程期间的患者选择、预测用特定治疗方案治疗患者个体时成功的可能性；评估疾病进展；监测治疗功效；为患者个体确定预后及评估个体受益于特定抗癌疗法的倾向。

本发明部分基于如下的发现，即患有癌症的患者中某些生物标志物的表达水平与单独的抗血管发生疗法的临床好处降低有关。因而，在一个方面，本发明提供了一种鉴定会受益于不同于抗血管发生疗法或包括抗血管发生疗法在内的抗癌疗法的癌症患者的方法，包括检测自患者获得的样品中表1所列一种或多种基因或基因产物的表达水平的步骤，其中所述样品中所述一种或多种基因或基因产物的表达与参照样品相比升高指示所述患者会受益于不同于抗血管发生疗法或包括抗血管发生疗法在内的抗癌疗法(anti-cancertherapy other than or in addition to anti-angiogenic therapy)。在一个实施方案中，所述来自患者的样品是在抗血管发生疗法之前或开始时获得的。

在另一个方面，本发明提供了一种预测癌症患者对抗血管发生疗法的响应性的方法，包括测定自患者获得的样品中表1所列一种或多种基因或基因产物的表达水平，其中所述样品中所述一种或多种基因或基因产物的表达水平与参照样品相比升高指示所述患者不太可能响应单独的抗血管发生疗法。在一个实施方案中，所述来自患者的样品是在抗血管发生疗法之前或开始时获得的。

本发明还提供了一种治疗癌症患者的方法，包括给所述患者施用不同于抗血管发生疗法或包括抗血管发生疗法在内的抗癌疗法，其中自所述患者获得的样品与参照样品相比显示表1所列一种或多种基因或基因产物的表达水平升高。在一个实施方案中，所述来自患者的样品是在抗血管发生疗法之前或开始时获得的。

在又一个方面，本发明提供了一种为癌症患者制备个性化基因组学序型(personalized genomics profile)的方法，包括测定自患者获得的样品中表1所列一种或多种基因或基因产物的表达水平，比较所述表达水平与参照样品中相应基因或基因产物的表达水平，并创建总结自此类分析获得的数据的报告，其中所述报告包括为所述患者预测单独的抗血管发生疗法的临床好处的可能性，其中自所述患者获得的样品中所述一种或多种基因或基因产物的表达水平与所述参照样品中的表达水平相比升高指示不同于抗血管发生疗法或包括抗血管发生疗法在内的抗癌疗法的临床好处的可能性升高。在一个实施方案中，所述来自患者的样品是在抗血管发生疗法之前或开始时获得的。

临床好处可以通过评估各种终点来测量，例如一定程度地抑制疾病进展，包括减缓和完全阻滞；减少疾病发作和/或症状的数目；缩小损害尺寸；抑制(即减轻、减缓或完全终止)疾病细胞浸润入临近周围器官和/或组织；抑制(即减轻、减缓或完全终止)疾病扩散；减轻自身免疫应答，其可以但非必然导致疾病损害的消退或消融；一定程度地减轻与病症有关的一种或多种症状；治疗后无疾病呈现(例如无进展存活)的长度延长；总体存活延长；响应率升高；和/或治疗后给定时间点的死亡率降低。