[发明专利]一种利用高通量测序单通道复用技术进行microRNA表达谱测定的方法无效
申请号: | 200910049381.1 | 申请日: | 2009-04-15 |
公开(公告)号: | CN101864477A | 公开(公告)日: | 2010-10-20 |
发明(设计)人: | 刘极龙;曾华宗 | 申请(专利权)人: | 上海聚类生物科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 200333 上海市*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 利用 通量 测序单 通道 技术 进行 microrna 表达 测定 方法 | ||
1.一种在超高通量新一代测序方法中利用单个通道同时检测多个生物样品的microRNA表达量的技术,其特征在于:
步骤1:收集多个不同的生物样本(2~20例均可)。
步骤2:通过Trizol法提取总RNA。
步骤3:进行聚丙烯酰胺凝胶电泳回收17~27nt RNA分子。
步骤4:在加入接头的时候引入条码序列标记
步骤5:将标记后的样本等量混合
步骤6:利用RT引物,进行反转录。然后进行PCR扩增。
步骤7:进行高通量并行测序。
步骤8:数据解码与分析,计算microRNA的表达谱数据。
2.一种能自动纠错的核酸条码设计方案,其特征在于:
利用计算机程序随机产生条码序列,然后利用算法进行优化,使得相同位置的碱基重复最少。保证在单个碱基测序错误的情况下,条码依然可以正确区分序列的样本来源。使得测序结果更为可靠。
3.临近条码区域分割碱基的设计方法,其特征在于:
在条码标记的5’端或3’端引入分割碱基,一般一个或数个碱基即可。分割碱基的意义在于保证不同样本在接头连接时接触到是相同的碱基,以保证连接效率一致。使样本间具有更好的平行性。
4.在高通量测序仪器Solexa,454(GS-FLX),SOLiD和Polonator的单个测序通道中同时测定2到20个生物样品的microRNA表达量。
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