[发明专利]出生缺陷靶向寡核苷酸微阵列比较基因组杂交芯片的制备方法

说明书

技术领域

本发明涉及诊断试剂领域，尤其涉及一种出生缺陷靶向寡核苷酸微阵列比较基因组杂交芯片的制备方法。

背景技术

出生缺陷(Birth Defect)也称先天异常，是指胚胎发育紊乱引起的形态、结构、功能、代谢、精神、行为等方面的异常，包括先天畸形、智力障碍、发育迟缓和代谢性疾病等。出生缺陷的原因复杂，遗传因素是出生缺陷的主要原因。最近的研究表明，基因组拷贝数变化(copy number alterations，CNVs)是许多先天异常(如先天畸形、胎儿发育异常、智力低下等)的细胞遗传基础。所谓CNVs，如缺失、获得、扩增和非整倍体改变等，被用来描述病人与正常参考基因组DNA之间拷贝数的差异以及导致微缺失和微复制综合征的基因组不平衡，其发生率至少是SNPs的3倍。特征性的CNVs常常是各种先天异常的细胞遗传基础，并且对先天异常的产前诊断以及发病机制的研究有重大意义。目前，对大多数出生缺陷尚缺乏有效的治疗措施，因此，预防是降低出生缺陷发生率的主要措施，而可靠的产前诊断则是降低出生缺陷发生率的关键所在。

核型分析是诊断和预防出生缺陷的主要方法之一。随着技术的发展，核型分析正由传统核型分析向分子核型分析转变，分析结果更加完整、准确和可靠。然而，由于我国医疗水平和经济条件的限制，全国绝大多数医院仍在使用传统的染色体显带技术，虽然结果准确可靠，但是分辨率低，难以检测小于5～10Mb的CNVs，难以确定CNVs的大小和断裂点以及标记染色体的性质，且需要细胞培养、显微计数和分析，费时费力。荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization，FISH)分辨率高，能够检测亚显微基因组变化，克服了显带分析的不足，然而，FISH操作繁琐，费时费力，需要预先知道待测CNVs的位置和类型，难以检测中间缺失和复杂的染色体重排。荧光定量PCR(quantitative fluorescence polymerase chainreaction，QF-PCR)和多重连接介导的探针扩增(multiplex ligation-dependentprobe amplification，MLPA)均能同时对多个标本进行快速检测，但也只能对已知的或与探针互补的基因组区域进行检测，无法对整个基因组进行高通量检测，因此难以用于临床筛查。比较基因组杂交(comparative genomic hybridization，CGH)一次试验能筛查整个基因组的CNVs并把结果定位于基因组上，然而，CGH需要中期细胞，费时费力，敏感性低，难以检测嵌合体，分辨率低，难以检测小于5～10Mb的CNVs。总之，以上细胞遗传分析方法要么由于分辩率低，难以检测亚显微的CNVs，要么由于低通量性，会漏检大量的CNVs，常导致假阴性检测结果，从而会导致大量异常胎儿的出生。

微阵列(microarray)，又称基因芯片、生物芯片，是一种微型的分析装置，是生物学、化学、物理学、工程学和计算机等多门学科结合的尖端生物技术，具有并行性、高通量、微型化、自动化等优点。虽然商业化的生物芯片越来越多，但有关靶向array CGH芯片的报道并不多，国内还未见有报道。尽管国外有少数实验室在研究靶向array CGH芯片，但他们要么选择的靶点有限，要么构建的是BACs arrayCGH芯片。若要使array CGH芯片能适用于临床诊断，就必须要满足两个条件：首先，array CGH芯片必须能高分辨率、高敏感性和高特异性的检测出病理性CNVs；其次，array CGH的结果要易于分析，尽可能地减少或避免临床意义不明的CNVs的检出。

发明内容

为解决上述问题，本发明的目的在于提供一种出生缺陷靶向寡核苷酸微阵列比较基因组杂交芯片的制备方法。

为达到上述目的，本发明一种出生缺陷靶向寡核苷酸微阵列比较基因组杂交芯片的制备方法包括以下步骤：

1)出生缺陷基因组拷贝数变化靶点筛查与鉴定

a)收集确诊为发育迟缓、智力低下或多发先天下畸形病例以及经超声检测为先天异常的胎儿病例；

b)采用高分辩率全基因组微阵列比较基因组杂交芯片进行检测，每例标本经染料互换共检测两次；

c)杂交结果扫描和分析；

d)对检测出的基因组拷贝数变化用FISH、定量PCR或MLPA进行验证；

e)鉴定并记录与特定畸形表型相关的基因组拷贝数变化；