[发明专利]基因检测方法、基因检测程序和基因检测装置

说明书

相关申请的交叉参考 

本申请包含与2008年7月9日向日本专利局提交的日本在先专利申请JP 2008-179256的公开内容相关的主题，在此将该日本在先专利申请的全部内容并入本文作为参考。 

技术领域

本发明涉及与利用生物检测用基板等获得的基因表达水平相关的技术领域。 

背景技术

在过去，已知一种技术，该技术根据荧光强度来检测由多个设计好的DNA探针和cDNA形成的互补链的量，其中所述cDNA是通过逆转录酶由从样本细胞中提取的mRNA转化而成的cDNA，并且该技术根据测量结果来检测样本细胞中所表达的基因的基因表达水平。 

在对不同条件下或不同细胞中的基因表达水平进行相互比较并提取和分析其中的差异时，上述基因表达水平显示出其有用性。对于相互比较来说重要的要素是，是否可以进行比较以及在比较时能够将什么样的差异认为是显著差异。 

在现有的分析方法中，关注了前一重要要素并且提出了用于微阵列芯片的许多标准方法。但是，对于后一重要要素，通常只关注了增加的基因表达水平，并且认为当表达水平大于基准值时会出现增加的变化，其中该基准值是作为比较目标的基准对照物的两倍的经验值(例如，参见Ido Amit，Ami Citri，Tal Shay，and others，A module of negative feedback regulators defines growth factor signaling，NATURE GENETICS，VOLUME39，NUMBER 4，APRIL，2007，p.503-512)。 

另一方面，类似于增加的基因表达水平，减少的基因表达水平在精确检验生物学意义方面也是重要因素。然而，在现有技术中，减少的基因表达水平并未被关注而是被丢弃，或者不被认为是分析目标。 

发明内容

因此，本发明的目的是提供能够更详细地分析基因的基因检测方法、基因检测程序和基因检测装置。 

根据本发明的实施例，提供了一种基因检测方法，该方法包括以下步骤：在各测量时间获取多个靶基因的表示表达水平且要进行比较的两个以上数据；基于所述两个以上数据中的一个数据的表达水平，把由所获取的两个以上数据表示的表达水平转换成与所述各测量时间中的一个测量时间的表达水平的比值；选取各个靶基因的最小比值和最大比值；以及利用具有最小比值的频数分布中的峰值的第一比值和具有最大比值的倒数的频数分布中的峰值的第二比值之中的至少一者作为分类边界，对多个靶基因进行分类。 

根据本发明的又一实施例，提供一种基因检测装置，该装置包括：获取部，其在各测量时间获取多个靶基因的表示表达水平且要进行比较的两个以上数据；转换部，其基于所述两个以上数据中的一个数据的表达水平把由所获取的两个以上数据表示的表达水平转换成与所述各测量时间中的一个测量时间的表达水平的比值；选取部，其选取各个所述靶基因的最小比值和最大比值；以及分类部，其利用具有所述最小比值的频数分布中的峰值的第一比值和具有所述最大比值的倒数的频数分布中的峰值的第二比值之中的至少一者作为分类边界，对所述多个靶基因进行分类。 

由于通常已知的是，细胞中存在的物质趋于保持常量(homeostasis，稳态)，所以也可以认为基因表达水平趋于保持常量。另一方面，在本发明的各实施例中，所选取的最小比值的频数分布中的峰值表示在细胞中当多个靶基因的表达水平为最小时的峰值。因而，可以认为该峰值具有这样的生物学意义，即在该峰值部分处，富集了在靶细胞中具有因稳态而能恢复原状的下限的基因。因此，该峰值具有用于确定靶细胞中表达水平是否明显减少的边界的生物学意义。 

根据本发明的各实施例，当该峰值作为边界时，可以认为最小值小于该边界的基因是显著减少的基因。与过去不关注而是丢弃靶细胞中具有减少趋势的基因相比，对显著减少的基因进行分类对于多面分析靶细胞是非常有用的。 

另一方面，在本发明的各实施例中，所选取的最大比值的倒数的频数分布中的峰值是表示在细胞中当多个靶基因的表达水平为最大时的峰值。因而，可以认为该峰值具有这样的生物学意义，即在该峰值部分处，富集了在靶细胞中具有因稳态而能恢复原状的上限的基因。因此，该峰值具有用于确定靶细胞中表达水平是否明显增加的边界的生物学意义。