[发明专利]用于普遍携带者筛查的方法和系统

说明书

交叉参考

本申请案主张2008年5月16日申请的美国临时申请案第61/053,926号的权益，所述申请案以引用的方式并入本文中。

背景技术

可使用准父母的遗传测试来预测一对夫妻的子女会罹患特定遗传疾病的几率。会关注所述测试的人包括遗传疾病世代相传的人或来自具有高遗传疾病发生率的族群的人。这些测试的结果可向一对夫妻提供其能用于决定是否孕育后代的信息。举例来说，一对夫妻可决定为抚养具有特殊要求的子女可能需要的特殊护理作准备，或者夫妻双方可研究有关辅助生育的选择。

许多遗传疾病在人类群体中极为少见，例如，发生率低于千分之一。然而，如果遗传疾病是由一种基因的单一隐性等位基因引起，而且准父母两人都为所述隐性等位基因的携带者，那么这对夫妻的子女罹患所述疾病的概率为约25％。

不同人类群体的某种遗传病状的等位基因的发生率不同。举例来说，在具有德系犹太人(Ashkenazi Jewish)祖先的人中，泰-萨克斯病(Tay-Sachs disease)的携带频率为1∶30；对于卡纳万氏病(Canavan disease)，其为1∶40；对于A型尼曼-匹克病(Niemann-Pick disease)，其为1∶90；对于C型范可尼贫血(Fanconi anemia)，其为1∶89；对于布卢姆氏综合症(Bloom syndrome)，其为1∶100；对于1型戈谢病(Gaucher disease)，其为1∶12。在东南亚人后裔中，α-地中海贫血(alpha-thalassemia)的携带频率高达约1∶20。在白种人(Caucasian)中，囊肿性纤维化(cystic fibrosis)的携带频率为1∶25。

尽管所述疾病个别地极为罕见，但其数量相当大，以致任一个体为至少一种此类疾病携带者的概率也明显较高。举例来说，预计70％的德系犹太人具有至少一个致病性等位基因。关于遗传负荷的预计表明，每个人都携带着约8到30个有害隐性等位基因。

携带者筛查可减少群体中遗传疾病的发生率。举例来说，近年来，归因于携带者筛查，已使得德系犹太人中泰-萨克斯病的发生率降低。孟德尔遗传疾病(genetic Mendelian disease)的另一实例为囊肿性纤维化(cystic fibrosis，CF)。囊肿性纤维化通常为使人虚弱的无法治愈的致死性疾病，并且治疗成本极高。CF的特征在于常染色体隐性遗传并且是由数百种不同突变所致的无临床症状个体所携带，所述突变中每一个的频率随族群的不同而变化。美国医学遗传学科学院(American College ofMedical Genetics，ACMG)推荐所有准父母通过遗传测试进行针对多种孟德尔疾病携带者筛查。从1998年起，ACMG就已经推荐针对囊肿性纤维化的携带状况进行全族群筛查。ACMG推荐测试的疾病清单随着与遗传疾病相关的新发现而不断扩充。由于携带者筛查的健康益处远远超出测试的财务成本，故已获采用。

目前，准父母关于携带状况的筛查是选择性的。其是针对属于特定病状高风险人类群体的夫妻。此项技术中需要针对来自任何祖先的个体的多种遗传病状的通用测试。

发明内容

一方面，本文揭示一种方法，其包含：对子女或潜在子女的生物学亲属子集进行测试，以确定对应于至少一种罕见遗传疾病的多个致病性遗传变异体的存在和至少一个祖先信息标记(AIM)的存在；和至少部分根据所述多个致病性遗传变异体和所述至少一个AIM的存在，预测所述生物学亲属子集的子女或潜在子女关于所述至少一种罕见遗传疾病的表型的概率。在一些实例中，预测包含对关于所述致病性遗传变异体所收集的数据进行全面概率分析。在一些实例中，预测进一步根据有关所述生物学亲属子集的至少一个成员的表型信息。所述方法可进一步包含对所述生物学亲属子集的至少一个成员提供遗传咨询服务。所述方法可进一步包含将所述子女表型的概率递送到医师转诊服务中心(physician referral service)。

一方面，计算机可读媒体包含：逻辑，经配置以至少部分根据生物学亲属子集关于多个致病性遗传变异体和至少一个祖先信息标记(AIM)存在的测试的结果，预测所述生物学亲属子集的子女或潜在子女关于至少一种罕见遗传疾病的表型的概率。在一些实例中，所述逻辑进行全面的概率分析。在一些实例中，计算机可读媒体提供呈报告形式的输出，其详细说明所述生物学亲属子集的任何成员的至少一个AIM的存在和任何所述多个致病性遗传变异体的存在。