[发明专利]一种基于基因表达谱的用来标示高风险多发性骨髓瘤的基因组指纹的方法和用途

说明书

与相关专利申请文书的交互索引

依据35U.S.C.§120，本国际专利申请文请求享受与以下专利同等的优先权时间：2008年4月24日递交的正在接受审批的美国专利申请文序列号12/148,985。专利申请文12/148,985的内容因此依索引录入本文。

资金来源注解

此发明的某些部分使用了美国联邦政府国立癌症研究院的奖助金CA55819和CA97513。因此，美国政府在本发明中拥有部分权利。

与本发明相关的背景信息

发明的领域

本发明广义上属于癌症研究领域。本发明具体相关的领域是：通过整合体细胞的两种信息(体细胞的脱氧核糖核酸[DNA]拷贝数目的反常和基因表达谱)来标示高风险多发性骨髓瘤的基因组指纹，以及用为预测临床结果和病人生存率。

相关的背景知识的描述

基因组不稳定性是癌细胞特有的标记之一。随着比较基因组杂交技术(CGH)的进展，人们对于体细胞DNA拷贝数目的反常(CNAs)与疾病生物学的关系的理解近一步增强(2-5)。尤为值得关注的是，近期研究在人群的生殖细胞中也发现了DNA拷贝数目的反常性，建议继承的这样DNA拷贝数目的反常性也许会增加疾病的发病率(6-9)。

多发性骨髓瘤(MM)是完成终端发育的B细胞(浆细胞)瘤。此种B细胞瘤归巢至骨髓并增殖进而导致一系列疾病，包括溶骨性骨损坏、高钙血症、免抑抑制、贫血和终末器官损害(10)。多发性骨髓瘤在美国是第二大最常见的血液学癌症(仅次于非霍奇金淋巴瘤)，估计有19,000个新病例于2007年确诊，大约50,000名病人当前患有此疾病。尽管新药物和医院治疗策略的优选综合化显著改善了病人预后，许多多发性骨髓瘤患者仍会经历疾病复发甚至死亡(11)。尤为重要的是，高风险疾病的一个子集(由基因表达谱标示)，已被证实不受益于当前的治疗干预(12)。对于高风险疾病的一个完全定义将有利于更好的病人区分，临床试验设计，并设计更新颖的治疗方案。

不同于在多数血液学肿瘤，多发性骨髓瘤的基因组常常表现出复杂染色体反常性，其中包括那些在上皮肿瘤中出现的染色体结构和位置的重组(13)。B细胞以其正常的重组机制创造有功能的免疫球蛋白基因；重组的错误可以导致免疫球蛋白基因和癌基因在染色体上的易位。这些可能代表创始性致癌事件的染色体易位，导致易位的癌基因受强力的免疫球蛋白基因增强子的影响，而获得组成型表达。CCND1、CCND3、MAF、MAFB和FGFR3/MMSET等基因的重复易位出现于大约40％的骨髓瘤中(13)，此现象也定义了该疾病的分子亚型(14)。染色体的多倍性状态，经常以未知机制出现，并体现于第3，5，7，9，11，15及19染色体，为剩余的60％的多发性骨髓瘤提供了标示。另外的染色体数目改变，包括染色体1q和13的拷贝缺失，及1q21的拷贝增加，都是多发骨髓瘤化浆细胞的特征以及致病和预后因素(15-16)。染色体1q长臂拷贝数的增加是骨髓瘤中最常见的基因异常(17)。染色体1q的串联重复和跳跃性片断重复，起因于近着丝粒区异染色体的解聚，频繁地同疾病的恶化联系在一起。通过列阵比较基因组杂交法分析来自于焖燃型骨髓瘤病人的浆细胞的DNA，结果证实转换成明显疾病的风险与1q21染色体的拷贝增加和13染色体的缺失相关联。以上结果已经经过间期荧光原位杂交的证实。另外，研究表明在骨髓瘤显示明显症状时获取的1q21染色体的增加和较低的生存率相关联，且在疾病复发进一步增加(18)。上述的染色体反常性通常可以在良性浆细胞癌和未定性的单克隆免疫球蛋白病(MGUS)中被观察到；此现象建议基因组的进一步变化是疾病显现症状的前提条件。