[发明专利]恶性神经胶质瘤的异柠檬酸脱氢酶和其他基因的遗传改变

说明书

本申请是使用美国(United States)政府的基金而进行的。因此，美国(U.S.)政府根据NIH专用拨款CA 43460、CA 57345、CA 62924、R01CA118822、NS20023-21、R37CA11898-34和CA 121113保留发明一定的权利。

技术领域

本发明涉及癌症诊断学、预后学、药物筛选和治疗学领域。具体地，其总体涉及脑肿瘤，具体涉及多形性成胶质细胞瘤。

发明背景

神经胶质瘤——初级脑肿瘤的最常见类型，应用由世界卫生组织(WHO)¹建立的病理组织学和临床标准被分类为I级至IV级。此组肿瘤包括多种具体的组织学，其中最常见的是星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤和室管膜瘤。I级神经胶质瘤，通常被认为是良性损伤，一般可由完整的手术切除治愈，并且很少——如果有的话——发展成更高级损伤²。但是，II级和III级肿瘤是恶性肿瘤，其侵入性地生长，进展成更高级的损伤，并携带相应的不良预后。IV级肿瘤(多形性成胶质细胞瘤，GBM)是最具侵入性的形式，并具有极差的预后^3，4。应用病理组织学标准不能从不具有已知的在前肿瘤的初级GBM区分二级GBM——其定义为在之前经诊断患有低级神经胶质瘤的患者中存在的GBM^5，6。

已知多种基因在神经胶质瘤中遗传性地改变，包括TP53、PTEN、CDKN2A和EGFR^7-12。这些改变趋于以明确的顺序发生在高级肿瘤的进程中。TP53突变似乎是星形细胞瘤发展过程中相对早期的事件，而PTEN的丧失或突变和EGFR的扩增是高级肿瘤的特征^6，13，14。在少突胶质细胞瘤中，1p和19q等位基因的丧失发生在多种II级肿瘤中，而9p21的丧失主要被限制在III级肿瘤¹⁵。

本领域不断需要鉴定恶性胶质瘤和其他脑肿瘤的起因、标志(标识符，identifier)和治疗方法。

发明概述

根据本发明的一方面，提供了表征人类对象的多形性成胶质细胞瘤(GBM)肿瘤的方法。分析GBM肿瘤，从而鉴定人类对象的GBM肿瘤中在异柠檬酸脱氢酶1(IDH1)的密码子132或异柠檬酸脱氢酶2(IDH2)的密码子172上的体细胞突变的存在或不存在。

本发明另一方面同样提供了这样的分离的抗体：其特异性结合R132H IDH1、或R132C IDH1、或R132S IDH1、或R132L IDH1、或R132G IDH1，但不结合R132 IDH1；或R172M IDH2、R172G IDH2、或R172K IDH2，但不结合R172；即，在GBM中发现的IDH1或IDH2的突变形式。同样提供这样的分离的抗体：其特异性结合R132 IDH1或R172 IDH2，即，IDH1或IDH2的野生型活性位点。

本发明的另一方面是使哺乳动物免疫的方法。将在人类肿瘤中发现的包含人IDH1蛋白至少8个相邻氨基酸残基的IDH1突变聚多肽或包含人IDH2蛋白至少8个相邻氨基酸残基的IDH2突变聚多肽施用于哺乳动物。该至少8个相邻氨基酸残基包括IDH1的残基132或IDH2的残基172。残基132或残基172不是精氨酸。生成这样的抗体和/或T细胞：其与在IDH1或IDH2突变多肽上发现，但在正常IDH1或IDH2上未发现的表位发生免疫反应。

如本发明的另一方面同样提供这样的IDH1或IDH2突变多肽：包含人类肿瘤中所发现的人IDH1或IDH2蛋白的至少8个但少于200个相邻氨基酸残基。该至少8个相邻氨基酸残基包括IDH1的残基132或IDH2的残基172。残基132或172不是R。

本发明的另一方面是分离的多核苷酸，其包含人类肿瘤中所发现的人IDH1或人IDH2蛋白的编码序列的至少18个但少于600个相邻核苷酸残基。该至少18相邻氨基酸残基包括IDH1的核苷酸394和/或395或IDH2的核苷酸515。IDH1的核苷酸394和/或395分别不是C和/或G。IDH2的残基515不是G。

本发明的另一方面是使哺乳动物免疫的方法。将包含人IDH1蛋白至少8个相邻氨基酸残基的IDH1多肽或包含人IDH2蛋白至少8个相邻氨基酸残基的IDH2多肽给予哺乳动物。该至少8个相邻氨基酸残基包括IDH1的残基132或IDH2的残基172。残基132或残基172是精氨酸。生成与在IDH1或IDH2多肽上所发现的表位发生免疫反应的抗体和/或T细胞。