[发明专利]用于检测HPV的核苷酸序列、方法和试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及检测人乳头瘤病毒(HPV)的核苷酸序列、方法和试剂盒，特别是使用相对较少数量的核苷酸序列作为探针来检测多种HPV亚型的那些。

背景技术

子宫颈癌为女性中最常见的癌症之一。据估计，2002年世界范围内的死亡率为273,500，并且在2004年增加到320,000。据估计，其中83％的患者在发展中国家，在妇女中占癌症的15-24％，远远高于发达国家的3至7％。已经发现子宫颈癌与人乳头瘤病毒(HPV)感染密切相关，其可导致在癌症发展过程中的癌前期阶段子宫颈上皮内瘤形成(CIN)。因此，检测HPV在预防和治疗子宫颈癌中起到了极为重要的作用。

采用核苷酸序列检测人体中HPV的方法可分为两组。第一组在检测人类样品中的HPV的存在时对HPV亚型进行鉴别，例子包括罗氏AMPLICOR^TM HPV测试(AMPLICOR^TM HPV Test)和线性阵列^TM HPV基因分型测试(LINEAR ARRAY^TM HPV Genotyping Test)；InnogenticsINNO-LiPA^TM HPV基因分型(额外)法(INNO-LiPA^TMHPV Genotyping Extra)；亚能生物科技(深圳)有限公司的CN200410037617.7和深圳市隆阳生物科技有限公司的CN200610061044.0。该组方法一般需要针对每一种待检测HPV亚型分别提供一种核苷酸探针，并且需要这些探针必须处于不同的位置(即，如上述例子中所用的那样，在阵列形式上单独的点或线中或在ELISA形式96孔板(宝灵曼公司(Boehringer，Mannheim))的不同孔中)以及替代阵列的其他方法，因此，其开发更复杂且普遍更昂贵。最重要的是，目前已经分离了多于200种HPV亚型且预期会有更多新亚型，因此所有现存的基因分型试剂盒都不能检测除目前已制造的各HPV检测试剂盒具体说明的那些20-37种亚型以外的HPV病毒，从而因为对于每个和每种待测亚型都需要特定探针，而不能对HPV病毒的存在与否进行明确检测。尽管可以在基因分型形式上增加更多类型，但是由于很难从临床样品中获得罕见类型，从而有关监管机构要求的审批过程(特别是对于罕见类型)使得这种方式即使可能也会是困难的。因此覆盖所有HPV亚型的用于明确分型的基因分型方法不仅难以开发且造价昂贵，而且也不太可行。

第二组仅检测HPV的存在而不能鉴别HPV亚型，其中帝吉耐杂交捕获II(Digene Hybrid CaptureII)(HCII)为本发明人已知的目前唯一市售产品。HCII进一步再细分为高风险和低风险型，其中在临床样品中直接使用液相杂交来检测HPV的DNA并使用化学发光信号放大技术取代扩增靶病毒DNA。因此大体而言，目标浓度相对较低时信噪比低，从而检测灵敏度相比于基于PCR的试验低很多。另外，除了使用RNA探针可能导致试剂盒的低稳定性以及污染的可能性(HCII依赖于样品的细胞含量，使得偶尔出现假阳性和假阴性结果，即，接近其检测限浓度时报道的假阳性/阴性率更高)以外，HCII也很昂贵。进一步而言，对于HCII，采用特异的RNA探针来捕获待测的靶亚型DNA，从而与上述第一组(基因分型试验)所述的那些类似，HCII也面对开发限制，除了其是在液体混合物中完成的而不需基因分型。另外，HCII只能检测18种HPV亚型(HCII高风险型13种，HCII低风险型5种)，这远低于最常见的人类38种HPV亚型。150多种罕见HPV亚型中的一部分已被证实为癌症诱导高风险，因此对这些亚型的检测能力对于诊断和预防子宫颈癌也是非常重要的。

基于上述情况，需要探索和开发一种简单并且/或者低成本的用于检测各种HPV亚型感染的方法。

发明目的

因此本发明的一个目的在于解决现有技术中的至少一个或更多的难题。特别地，本发明的一个目的在于以低成本提供用于检测样品中常见HPV亚型的核苷酸序列以及相关方法和试剂盒。最少，本发明的一个目的在于为公众提供有用的选择。

发明内容

因此，本发明提供了一种分离的核酸分子，其选自由下列序列组成的组：(a)选自由SEQ ID NOs.1-24和32组成的组中的序列；以及(b)与(a)中任一所述核酸分子完全互补的序列。

本发明的另一个方面在于提供一种HPV检测试剂盒，包括：