[发明专利]保持序列的DNA转化

权利要求书

1.一种用于始于其3′末端转化靶单链DNA(ssDNA)分子以便将所述靶ssDNA分子的核苷酸腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)或胸腺嘧啶(T)转化成预定的寡核苷酸密码并且在转化过程中保持靶s sDNA的核苷酸顺序的方法。所述方法包括以下步骤：

(a)将在其5′-末端具有预先指定的序列5′-x₀、S₁、S₂、S₃、S₄、S₅-3′的靶ssDNA与包含多个寡核苷酸探针的探针文库接触，其中x₀可以是A、C、G或T并且S₁、S₂、S₃、S₄、S₅是预定的寡核苷酸密码(X_x)的前5个位置中的序列，其中每个探针包含双链DNA部分以及第一和第二单链悬突，其中所述双链DNA部分包含IIS型限制性内切酶的识别序列(R′/R)和唯一地对应于所述靶ssDNA中的待转化的核苷酸(x)的预定的寡核苷酸密码(X′_x/X_x)，其中存在可特异性结合R′/R并且切割所述第二单链悬突内的所述识别序列的外侧的IIS型限制性内切酶，其中所述第一单链悬突包含与预定的寡核苷酸密码的前5个位置中的序列(5′-S₁、S₂、S₃、S₄、S₅-3′)互补的序列5′-S′₅、S′₄、S′₃、S′₂、S′₁，紧接其后是由所述探针文库中全部4种核苷酸代表的位置(n)；其中具有序列5′-x′、n、n、n、n、n-3′的所述第二单链悬突包含与待转化的核苷酸(x)互补的核苷酸(x′)，紧接其后是由探针文库中全部4种核苷酸代表的5个位置，并且其中在允许所述文库中的多个探针之一结合所述靶ssDNA分子并且与其形成完全匹配的双链体的条件下进行接触；

(b)利用连接酶将步骤(a)中所述结合的探针的更短的链的两端与所述靶ssDNA连接，从而形成环状分子；

(c)将步骤(b)中所述连接的分子与特异性识别存在于步骤(a)中探针的所述双链DNA部分的序列(R′/R)的I I S型限制性内切酶接触，其中所述酶切割待转化的所述靶ssDNA的靶分子的3′末端上的至少一个核苷酸，从而从所述靶ssDNA分子的3′末端除去所述核苷酸；和

(d)将在步骤(c)中被切割的所述探针-靶ssDNA复合物的双链部分分离，并且从所述探针的未连接链上洗去所述寡核苷酸；

其中步骤(a)-(d)产生在其5′末端包含5′-x、X_x、R-3′的转化的靶ssDNA分子，其中X_x是对应于所述靶ssDNA的被转化的核苷酸x的预定的寡核苷酸密码。