[发明专利]用于预测无复发存活的生物学标记物

说明书

发明领域

本发明大体上属于统计学数据处理领域。更具体来说本发明涉及临床病理学信息相关的甲基化分类，其用于指示癌症复发的可能性。

发明背景

DNA甲基化，一种可以被遗传并随后可以被去除而不改变原始DNA序列的DNA化学修饰，是基因调控中研究得最清楚的表观遗传学机制。在DNA中存在称作CpG岛的区域，其中在碱基线性序列中胞嘧啶核苷邻接鸟嘌呤核苷出现。

已知存在于启动子区的这些岛的DNA甲基化可以作为基因沉默的机制。存在实验寻找差异甲基化的方法，例如差异甲基化杂交、甲基化特异性测序、HELP测定、重亚硫酸盐测序、CpG岛阵列等等。

在正常细胞中CpG岛通常严重地甲基化。然而在肿瘤发生期间，这些岛发生低甲基化，其可能导致某些重复序列(repeat)的表达。另外，这种低甲基化也与DNA断裂和基因组不稳定性相关。这些低甲基化事件还与一些癌症的严重性相关。某些情况下，在病变(如癌症)、印记、发育、组织特异性或X染色体失活中，基因相关的岛可能被严重甲基化。特别是在癌症中，肿瘤抑制子近侧的岛的甲基化是频繁的事件，经常发生在第二等位基因由缺失而丢失时(杂合性丢失，LOH)。一些常见的具有甲基化岛的肿瘤抑制子是p16，Rassf1a和BRCA1。

存在已报道的结肠直肠癌和前列腺癌的表观遗传学标记物。例如，Epigenomics AG(Berlin，Germany)拥有Septin 9作为在血浆中筛选结肠直肠癌的标记物。US20050021240A1已经公开了一种使用甲基化位点来预测癌症中对不同治疗的应答及推荐合适治疗的方法。然而，该方法预测的结果是有限的。

本领域已知的方法包括使用免疫组织病理学变量(例如肿瘤大小、ER/PR状态、淋巴结阴性等)来定义临床预后指数，例如Nottingham预后指数(NPI)。这种指数的问题在于其已经显示为非常保守，因此即使在低复发风险的情况下通常也导致患者接受侵略性的治疗。

本领域已知的代替方法包括测量大量(通常是大约70个)基因的表达水平，并基于所述基因的相对表达水平来计算风险得分。这些预后测试不是特别特异，而且就需要组织操作而言还非常昂贵。由于RNA降解非常快，并且需要更小心的操作，所以难以使用RNA。

因此，改进的用于获取与临床病理学信息相关的统计学处理的甲基化数据的方法会非常有益，尤其是一个提供了增加的灵活性、成本效益和/或统计学校正的预后数据的方法也会是有益的。

发明概述

因此，本发明优选寻求单独地或者以任意组合缓解、减轻或消除一种或多种本领域的上述不足和缺点，并且通过提供所附的权利要求书的方法和序列表，解决至少上面提及的问题。

根据本发明的一个方面，提供了包括基因座DNA的甲基化分类列表，对所述基因座，DNA甲基化的状态是癌症复发可能性的指征。该甲基化分类列表包括至少一种序列，所述序列是包括SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：252的组中的序列。

所述甲基化分类列表的一个优点是它使得可以提供可在临床实践中广泛使用的临床预后测试。

另一方面，本发明提供了一种用于获得甲基化分类列表的方法，所述甲基化分类列表包括临床病理学信息相关的统计学处理的甲基化数据。该方法至少包括提供已知临床病理学历史的癌症患者的肿瘤DNA的步骤。然后，分析肿瘤DNA的甲基化状态，得到甲基化分类列表。该列表包括对统计学处理的甲基化数据的选择，其中该选择适于预测对象的无复发存活概率。这是有利的，由于相比于如基因表达数据，在临床场合中DNA甲基化可能更容易测量，从而使高度有用的临床预后测试成为可能。另一个好处是临床医生能够用发现的DNA甲基化标记物强大地(robustly)将患者分成好或差的预后组并因此作出适当的治疗选择。