[发明专利]利用质谱法分离、表征和/或鉴定微生物的方法

权利要求书

1.一种从检测样品中表征和/或鉴定微生物的方法，包括：

(a)获得已知包含或可能包含微生物的检测样品；

(b)选择性地溶解所述检测样品中的非微生物细胞以产生溶胞样品；

(c)将微生物与所述溶胞样品的其它组分分离以形成所述微生物的离析的样品；

(d)通过质谱法对所述微生物的所述离析的样品进行探询以获得所述微生物的质谱图；和

(e)通过将所测定的质谱图与参考质谱图和/或与已知微生物的细胞组分的已知或预测的质量对比来表征和/或鉴定所述离析的样品中的所述微生物。

2.根据权利要求1所述的方法，其中将来自步骤(c)的所述离析的微生物样品的至少一部分回收并且在所述探询步骤(d)之前置于载体底物上。

3.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(c)中的分离方式是离心。

4.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(c)中的分离方式是过滤。

5.根据权利要求1所述的方法，其中在所述探询步骤(d)之前的分离期间，将来自步骤(c)的所述离析的微生物样品的至少一部分直接沉积于载体底物上。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述质谱法选自由MALDI-TOF质谱法、解吸电喷雾电离(DESI)质谱法、GC质谱法、LC质谱法、电喷雾电离(ESI)质谱法和选择离子流量管(SIFT)质谱法组成的组。

7.根据权利要求1所述的方法，其中，基于一种或多种表型和/或形态学特征对所述微生物进行表征。

8.根据权利要求1所述的方法，其中，将所述微生物表征到一种或多种分类模型上，所述分类模型选自由革兰氏组、临床革兰氏组、治疗组和功能组组成的组。

9.根据权利要求1所述的方法，其中将所述微生物鉴定到属水平、种水平或菌株水平。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述选择性溶胞步骤(b)采用含有一种或多种清洁剂的溶胞溶液进行。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述一种或多种清洁剂选自由TritonX-100、TritonX-100-R、TritonX-114、NP-40、GenapolC-100、GenapolX-100、IgepalCA 630、Arlasolve^TM200、Brij96/97、CHAPS、辛基β-D-吡喃葡萄糖苷、皂苷、单十二烷基九乙二醇醚(C12E9，聚多卡醇(polidocenol))、十二烷基硫酸钠、N-月桂酰肌氨酸、脱氧胆酸钠、胆汁盐类、十六烷基三甲基溴化铵、SB3-10、SB3-12、氨基磺基甜菜碱-14(amidosulfobetaine-14)、C7BzO、Brij98、Brij58、Brij35、Tween80、Tween20、PluronicL64、PluronicP84、非清洁性磺基甜菜碱(NDSB 201)、两亲高分子(amphipols)(PMAL-C8)和甲基-β-环糊精组成的组。

12.根据权利要求10所述的方法，其中所述清洁剂是包含C_12-18/E_9-10结构的聚氧乙烯清洁剂。

13.根据权利要求10所述的方法，其中所述聚氧乙烯清洁剂选自由Brij97、Brij96V、GenapolC-100、GenapolX-100和聚多卡醇(polidocenol)组成的组。

14.根据权利要求10所述的方法，其中所述溶胞溶液进一步包含一种或多种酶，所述一种或多种酶包括一种或多种蛋白酶和一种或多种核酸酶的混合物。

15.根据权利要求10所述的方法，其中所述溶胞溶液包含一种或多种缓冲剂。

16.根据权利要求1所述的方法，其中将所述溶胞样品铺层在容器中的密度缓冲垫层上，并且其中将所述容器离心以形成微生物颗粒。