[发明专利]检测DNA碱基突变的方法

说明书

本申请是申请号为200810103458.4、申请日为2008年04月07日、发明创造名称为“一种检测DNA碱基突变的方法”的分案申请。

技术领域

本发明涉及一种检测DNA中是否存在碱基突变的方法。

背景技术

近年来，DNA碱基错配受到了大家的广泛关注，研究表明，人类基因大约含有10⁹个碱基对。对DNA的物理和化学破坏都有可能导致DNA在复制过程中产生碱基错配或误配，虽然生物体自身存在强大的修复系统用于修复错配，但是仍有部分错配未被修复。由于一个碱基突变都有可能引发致命的癌症以及基因相关疾病，所以对于DNA碱基错配的检测对于临床诊断，基因表达分析和治疗以及生物医药研究都具有重要的意义。

目前已有多种方法可用于DNA碱基错配的检测，其中大部分是基于DNA错配会对DNA双螺旋的稳定性产生较大影响的原理，利用寡核苷酸的特异性杂交来检测DNA碱基错配。基于上述原理的方法具有原理简单的优点，但存在步骤繁琐、成本较高、灵敏度低的缺点，而且由于非特异性杂交的影响，导致上述方法选择性降低，很难实现单个碱基突变的检测。

发明内容

本发明的目的是提供一种检测DNA中是否存在碱基突变的方法。

本发明提供的检测DNA中是否存在碱基突变的方法，依次包括以下步骤：

1)用荧光素标记单链多核苷酸M；所述M与待测DNA的正常序列完全互补且可以形成G-四聚体结构；

2)使荧光素标记的M形成G-四聚体结构；

3)将形成G-四聚体结构的M和溴乙锭混合，加入待测DNA和下述式(I)的化合物、同时设置加入由待测DNA的正常序列组成的DNA片段和下述式(I)的化合物的对照体系，按照如下方法确定待测DNA是否存在突变：若待测DNA反应体系的I_600nm/I_422nm小于等于对照体系的1.5±0.08，待测DNA存在碱基突变；若待测DNA反应体系的I_600nm/I_422nm等于对照体系的2.0±0.07，待测DNA不存在碱基突变；所述I_600nm为发射波长为600nm的发射峰的荧光强度；所述I_422nm为发射波长为422nm的发射峰的荧光强度；

式(I)；

式(I)中，m＝1～10，n＝2～100；R₁，R₂，R₃，R₄＝C_XH_2X+1或-O(C_XH_2X+1)，x＝1～10；R₅＝C_XH_2X+1，x＝1～3；R₆＝Br、Cl、I、CF₃COO或CH₃COO。

所述式(I)中，m＝6、n＝6、R₁＝H、R₂＝H、R₃＝H、R₄＝H、R₅＝CH₃、R₆＝Br。

所述式(I)中，m＝6、n＝6、R₁＝H、R₂＝H、R₃＝H、R₄＝H、R₅＝CH₂CH₃、R₆＝I。

本发明提供的检测DNA中是否存在碱基突变的方法，还可依次包括以下步骤：

1)制备单链多核苷酸D1，所述D1与待测DNA的正常序列完全互补；

2)制备单链多核苷酸D2，用荧光素标记序列D2；所述D2能形成发卡DNA，茎环与D1完全互补，茎干与D1至少有6nt不互补，且茎干区含有限制性内切酶的酶切位点；

3)将D1和D2混合，再加入待测DNA，然后加入与D2茎干区的酶切位点相应的限制性内切酶，再加入下述式(I)的化合物；同时设置用待测DNA的正常序列组成的DNA片段取代待测DNA的体系作为对照；