[发明专利]一种与水稻抗褐飞虱基因连锁的SCAR分子标记

说明书

技术领域

本发明涉及一种与水稻抗褐飞虱基因连锁的SCAR标记，可用于分子标记辅助育种，属于水稻抗虫育种和分子生物学领域。

背景技术

20世纪70年代以来，各国科学家都致力于抗褐飞虱新基因的开发和利用。到目前为止，根据抗性基因对不同生物型褐飞虱的不同抗性反应，至少已经鉴定了15个抗褐飞虱基因(Athwal等，1971；khush等，1985；khush和Brar等，1991；Ishii等，1994；刘国庆等，2001)，其中，Bph1和Bph2抗生物型1和3；Bph3、Bph4、Bph8、Bph9和Bph10(t)抗生物型1、2和3；Bph5、Bph6、Bph7抗生物型4。对抗褐飞虱新基因进行定位是有效利用抗褐飞虱基因的基础。现在已经将Bph1、bph2、Bph9、Bph10定位于水稻的第12号染色体上，bph(t)和Bph11被定位于第3染色体上，Bph3、bph4、Bph(t)和bph12分别被定位于第10、6、9、4号染色体上[16]。1994年Ishii等采用RFLP分析方法将Bph10(t)定位在第12号染色体距离RG4573.68cM的位置上；1997年Huang等采用QTL分析法将一未命名的新抗性位点定位在第12染色体的RG463和SdH-1之间；1998年Alam等以IR64和Azucena为亲本，构建了一个含有131个单株的双单倍体，应用QTL方法研究IR64的抗性基因，实验结果表明，IR64的主效抗性基因被定位在第12染色体上，同时在第1、2、3、4、6、8染色体上也存在抗性位点；2001年刘国庆等利用紧穗野生稻与栽培稻品种02428远缘杂交后代将一个抗性基因定位在第2染色体上，位于SSR标记RM140和RM250之间，命名为Bph13(t)。在某些水稻品种中还存在着抗褐飞虱基因的抑制基因，比如在水稻品种TKM6具有抗性基因Bph1和显性抑制基因Ibph1，所以TKM6对褐飞虱表现为感虫反应，通过将TKM6和IR24杂交后两对基因发生分离，在杂交后代中可以选择到抗虫单株，培育最终培育出抗褐飞虱新品种IR26。

SCAR(sequence characterized amplified region)序列特征化扩增区域标记通常是由RAPD标记转化而来的。为了提高所找到的某一RAPD标记在应用上的稳定性，可将该RAPD标记片段从凝胶上回收并进行克隆和测序，根据其碱基序列设计一对特异性引物(18-24bp)，也可只对该RAPD标记片段的末端进行测序，在原来的10个碱基引物的基础上增加相邻的14个左右的碱基，成为与原来RAPD标记片段末端相配对的特异性引物。并对基因组DNA进行PCR扩增，便可以扩增出与原来RAPD标记片段相同大小的特异性带谱，这种经过转化的特异DNA分子标记就成为SCAR标记。SCAR标记一般表现为扩增带谱的是否存在，是一种显性标记。但有时也表现为长度多态性标记，为共显性标记[38]。相对RAPD标记，由于SCAR标记所用的引物长度和并且与模板完全配对，所以在相当严谨的条件下，我们可以得到稳定性和重复性很好的结果，随着SCAR标记研究的不断发展和完善，将会得到越来越多的重要农艺性状的SCAR标记，在将来的分子辅助育种中发挥中重要作用。

随着分子生物学的迅速发展，大部分的农作物的转化已经成为了可能，定位和分离与重要农艺性状相关的基因已成为研究农艺性状发育过程的重要方向，也是应用基因工程技术改良植物遗传性状的关键所在。近年来发展和应用了几种基因的定位方法。利用分子标记辅助选择育种可以有效实现育种从表型选择向基因型选择的根本性转变。

发明内容

本发明的目的是提供一种与水稻抗褐飞虱基因连锁的SCAR标记，该标记能够用于水稻抗褐飞虱的辅助选择育种，为克隆新的抗褐飞虱基因奠定基础。

本发明通过以下技术方案实现上述目的：一种与水稻抗褐飞虱基因连锁的SCAR标记，由序列表中的SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2组成的引物对PCR扩增获得。所述分子标记SCAR₆₉₄，是用RAPD分子标记方法筛选出S229₇₀₃分子标记，再将S229₇₀₃转换成稳定的SCAR标记，该标记采用下列方法得到：

1、所用材料为药用野生稻1665(Oryza officinals Waii Ex Wat t)与栽培稻桂99远缘杂交的B3F4代自交分离群体。