[发明专利]具有明亮的基准标记的微阵列及从其获得光学数据的方法

说明书

技术领域

本发明的一个或多个示例性实施方式涉及用于微阵列的基底、制造该基 底的方法、包括该基底的微阵列、以及从该微阵列获得光学数据的方法，该 基底在被照射时具有明亮的基准标记(fiducial mark)。

背景技术

通常，在典型的微阵列中，与靶物质结合的探针材料被固定至基底的多 个确定区域(清楚区域，distinct region)。微阵列用于通过使可能包括用荧光 物质标记的靶物质的样品与该微阵列上的探针材料接触和测量从其获得的 光而分析许多靶物质。

由于微阵列中固定探针材料的区域(在下文中也称为样点)通常布置以在 微阵列上具有高的密度，因此在一个实验中所使用的照射和检测的样点的数 量可为数千个至数万个；换言之，单个微阵列可含有数千或更多个设置于其 上的单独的区域。因此，对由微阵列分析结果所获得的图像数据进行分析的 操纵器在计算各样点的亮度之前产生所述样点的位置的图谱或图案，并且在 将从微阵列获得的图像信号量化之前产生局部背景，所述各样点的亮度是例 如由于用于标记与微阵列上的样点杂交的靶物质的荧光物质的荧光所致。微 阵列图谱是由检测软件使用以有效地寻找所述图案中的各样点在微阵列上 的位置的模板。因此，由从具有许多样点的微阵列所获得的光学数据有效地 确定各样点的位置。

确定样点位置的典型方法包括基于已知的样点信息手动确定光学图像 上的样点的方法以及使用自动点样仪(spot placement equipment)的方法。

然而，仍有待开发由从微阵列所获得的光学数据容易地找到和分析各样 点的位置的方法并且该方法将是有益的。

发明内容

本发明的一个或多个示例性实施方式包括用于微阵列的基底，当该基底 被照射时，该基底具有明亮的基准标记。

本发明的一个或多个示例性实施方式包括制造用于微阵列的基底的方 法，当该基底被照射时，该基底具有明亮的基准标记。

本发明的一个或多个示例性实施方式包括微阵列，在该微阵列被照射 时，该微阵列具有明亮的基准标记。

本发明的一个或多个示例性实施方式包括从微阵列获得光学数据的方 法。

本发明的一个或多个示例性实施方式包括基底，该基底包括：设置于所 述基底上的基准标记和所述基底上的探针材料配置以固定于其上的区域，所 述区域与所述基准标记分离；以及设置于所述基底上的探针材料配置以固定 于其上的所述区域上的探针固定化合物，其中所述基准标记具有以比由所述 基底上不对应于所述基准标记的区域所反射的照射光的强度大的强度将照 射光反射的结构。

本发明的一个或多个示例性实施方式包括微阵列，该微阵列包括：设置 于基底上的基准标记；设置于所述基底上并与所述基准标记分离的多个区 域；设置于所述基底上的所述多个分离区域上的探针固定化合物；以及固定 在设置于所述基底的所述多个分离区域上的所述探针固定化合物的一部分 上的至少一个探针，其中所述基准标记具有以比由不对应于所述基准标记的 区域所反射的照射光的强度大的强度将照射光反射的结构。

本发明的一个或多个示例性实施方式包括制造具有基准标记的基底的 方法，该方法包括：提供基底；在所述基底上设置第一材料层；在所述第一 材料层上设置光刻胶层；通过掩模将所述光刻胶层曝光；将所述光刻胶层显 影；蚀刻所述第一材料层的未被所述光刻胶层覆盖的至少一部分以形成基准 标记；以及除去所述光刻胶层，其中所述基准标记具有以比由所述基底上未 形成所述基准标记的区域所反射的照射光的强度大的强度将照射光反射的 结构。

本发明的一个或多个示例性实施方式包括从微阵列获得数据的方法，该 微阵列包括在基底表面上的基准标记和固定有探针材料的多个确定区域，其 中所述基准标记具有反射向其照射的光的结构，该方法包括：使包括用发光 物质标记的靶分子的样品与所述微阵列接触；将光照射到所述微阵列上；测 量由所述微阵列反射的光以获得反射光测量结果；利用所述反射光测量结果 鉴别基准标记；基于所鉴别的基准标记鉴别固定有探针材料的多个确定区 域；将激发光照射到所述微阵列上；测量由所述发光物质发射的光以获得发 射光测量结果；利用所述发射光测量结果通过将所述发射光测量结果与所述 反射光测量结果比较来鉴别所述基准标记和所述多个确定区域；以及从所鉴 别的多个确定区域获得光学数据。