[发明专利]一种SNP复合检测体系和检测方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种基于基因分型的个体检测体系和方法，尤其涉及一种用于基于SNP位点分型的SNP复合检测体系和检测方法。

背景技术

随着各方面对司法诉讼活动的科学性、客观性以及准确性要求的不断提高，物证鉴定领域不断发展，要求更为精确的分析手段来对案件中检材的个体来源进行确定，DNA分析由于其检验结果精确，成为物证鉴定领域的重要技术手段。

目前法医DNA实验室常采用复合PCR-STR分型技术对未知个体来源的检材进行基于STR位点的分型以达到确定检材个体来源的目的，该复合PCR-STR分型技术可检测的DNA片段主要分布在300-400bp之间，但在实际案件中常会遇到因各种因素(包括高温、潮湿、暴晒、微生物等)发生降解的检材，主要表现为，检材中的DNA分子受损，片段断裂、丢失，分子变小等，使用复合PCR-STR分型技术对这些检材进行检测时，经常出现“优势扩增”或“无效扩增”，导致片段较大的STR基因座无法有效分型。虽然通过改进DNA提取方法，提高模板DNA的浓度和纯度，优化PCR扩增条件等在一定程度上提高降解检材的扩增效率，但仍不能获得良好的确定检材个体来源的分型结果，难以满足案件分析的需要。

SNP是目前为止人类基因组中分布最广泛、存在数量最多的DNA多态型，每300个碱基对出现一次，NCBI数据库中dbSNP Build 131版中人类SNP的数目为23,652,081，SNP广泛存在于非编码区和编码区，比STR要高出几个数量级，大约90％的人类遗传变异是单核苷酸多态性。SNP突变率低，相比STR更加稳定可靠，另外SNP片段短，更易进行PCR扩增，并且产物的长度不到100bp，这与300-400bp的STR相比能够更好的适用于降解的DNA样本，而且SNP引物结合位点间的距离较近，在法医鉴定中有利于对高度降解的DNA进行分析。

如何从上述众多SNP位点中选择出一组SNP位点构建一种检测体系可对痕量、降解检材的DNA同时进行个体识别、ABO基因分型以及性别鉴定，以达到确定检材个体来源的目的，扩大犯罪现场的检材范围，为公安机关刑事执法和行政执法、保障社会公共安全提供有力的技术支撑，成为有待解决的问题。

发明内容

本发明提供一种SNP复合检测体系，通过确定48个SNP位点，扩增引物组以及微测序引物组，可对未知个体来源的，痕量、降解检材的DNA同时进行个体识别、ABO基因分型以及性别鉴定，以确定所述痕量、降解检材的个体来源。

本发明还提供了一种利用所述SNP复合检测体系进行个体识别、ABO基因分型和性别鉴定的SNP复合检测的方法，通过该方法可对痕量、降解检材DNA进行准确的个体识别、ABO基因分型和性别鉴定。

本发明提供SNP复合检测体系，包括48个SNP位点，扩增引物组、微测序引物组以及通用芯片；

所述扩增引物组中包括与所述48个SNP位点一一对应的48对扩增引物，每对扩增引物能扩增待检测DNA上包括其相应的SNP位点的突变型或野生型碱基在内的核苷酸序列；

所述微测序引物组中包括与所述48个SNP位点一一对应的48条微测序引物，每条微测序引物的5’端连有标签序列能与通用芯片上的标签序列互补，3’端包括与待检测DNA上其相应的SNP位点之前的核苷酸序列互补的序列；

所述48个SNP位点为：rs8176747、rs10488710、rs2272998、rs689512、rs445251、rs5746846、rs9606186、rs3744163、rs722290、rs521861、rs1821380、rs2269355、rs7520386、rs10773760、rs13218440、rs560681、rs221956、rs4530059、rs338882、rs430046、rs13182883、rs9951171、rs1109037、rs1736442、rs159606、rs321198、rs4606077、rs1336071、rs1294331、rs3780962、rs9905977、rs1058083、rs740598、rs8176720、rs8176719、amelogenin、rs8078417、rs2342747、rs10092491、rs6444724、rs1498553、rs12997453、rs7041158、rs214955、rs6955448、rs993934、rs1523537、rs1053878。