[发明专利]一种KCNQ1、KCNE2与KCNN3基因SNP检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种KCNQ1、KCNE2与KCNN3基因SNP检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

KQT型亚族1号钾通道基因(potassium voltage-gated channel，KQT-like subfamily，member1，KCNQ1)位于人类基因组的11p15.5，大约有400kb，由17个外显子组成。KCNQ1是一类电压依赖的钾通道，在许多组织中都有表达，包括耳蜗、上皮组织和心肌细胞，其生理作用是将钾离子转运出细胞，维持正常生理所需要的离子浓度。Isk相关家族2号钾通道基因(potassium voltage-gated channel，Isk-related family，member 2，KNCE2)位于人类基因组的21q22.12，拥有3573多万对碱基对，其主要生理功能是维持心肌细胞的离子平衡。研究表明，KCNQ1与KNCE家族成员共同作用，组成一个功能性钾通道，KCNE2对KCNQ1进行精密调节，使KCNQ1稳定开放，共同维持体内组织中的静息电位。KCNQ1和KCNE2突变导致许多与心律失常有关的疾病，这些遗传性心脏病的最大特点是心脏结构无异常，但猝死的几率却高达10％-20％。

钙离子激活钾通道蛋白基因3(calcium-activated potassium(SK)channels，KCNN3)位于人类基因组1q21.3，KCNN3基因编码的蛋白质具有离子通道活性，其生理功能有：结合钙调蛋白构成细胞膜组织成分、离子转运、神经细胞发育生长、钙激活钾通道活性等。研究已证实，离子通道的突变可影响其正常功能，导致多种复合孟德尔遗传规律的疾病。

本发明目标检测的KCNQ1、KCNE2和KCNN3基因突变位点，如表所示：

目前，对KCNQ1、KCNE2和KCNN3基因多态性进行检测、分析的方法主要有：PCR-RFLP、直接测序法、HPLC、传统固相芯片等方法，其中最常用的方法有PCR-RFLP分析法和固相芯片技术。PCR-RFLP法是基于基因突变造成的限制性内切酶识别位点的改变，如位点丢失或产生新位点，通过PCR扩增某一特定片段，再用限制性内切酶酶切扩增产物，电泳观察片段的大小，这种方法用于检测酶切位点改变的基因突变，可直接判断基因型，但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测；而传统固相芯片价格昂贵，而且敏感度不高，检测结果的可重复性差。再次，基于PCR技术的检测方法(PCR-RFLP)和基于TaqMan技术的等位基因差异分析法都存在着检测通量的局限性，一次只能进行一种突变的检测，不能满足实际应用的需要。

发明内容

本发明的目的之一是提供KCNQ1、KCNE2和KCNN3基因SNP检测液相芯片。该液相芯片可用于检测KCNQ1基因的两种常见基因型A184G和A70C、KCNE2和KCNN3基因常见基因型G166A和G107A的野生型和突变型。

实现上述目的的技术方案如下：

一种KCNQ1、KCNE2和KCNN3基因SNP检测液相芯片，主要包括有：

(A).针对每种SNP分别设计的野生型和突变型的ASPE引物：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因SNP位点的特异性引物组成，所述野生型和突变型的特异性引物分别为：针对KCNQ1基因A184G SNP位点的SEQ ID NO.9及SEQ ID NO.10、针对KCNQ1基因A70C SNP位点的SEQ ID NO.11及SEQ ID NO.12、针对KCNE2基因G166A SNP位点的SEQ IDNO.13及SEQ ID NO.14、和/或针对KCNN3基因G107A SNP位点的SEQ ID NO.15及SEQ IDNO.16；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～8；

(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.17～SEQ ID NO.24中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；

(C).用于扩增出需要检测的、具有相应SNP位点的目标序列的引物。