[发明专利]用于检测和表征产毒性艰难梭菌菌株的方法

说明书

发明领域

本发明属于生物和化学领域。具体地，本发明属于分子生物学领域。更具体地，本发明属于核酸的检测和实时PCR的领域。最具体地，本发明涉及产毒性艰难梭菌（Clostridium difficile）菌株的检测和表征。

发明背景

艰难梭菌是梭菌属的革兰阳性细菌。梭菌是厌氧芽孢杆菌。艰难梭菌是抗生素相关性腹泻(AAD)的最严重原因并且可导致假膜性结肠炎、严重结肠感染，通常因抗生素对正常肠道菌群的根除引起。天然定居在体内的艰难梭菌变得生长过度：生长过度是有害的，因为细菌释放可引发胃气胀、便秘和腹痛腹泻（diarrhea with abdominal pain）的毒素，所述症状可变得严重。潜伏症状通常模拟某些流感样症状。中断病因的抗生素治疗（causative antibiotic treatment）通常是有疗效的。

艰难梭菌感染的严重性可从无症状变化至严重和威胁生命，特别地是在老年人中。人最常在医院、医护疗养所或公共机构获得感染，虽然社区、门诊发生的艰难梭菌感染日益增加。艰难梭菌获得速率据估计在具有长达2周的住院期的患者中为13%，在具有4周以上的住院期的患者中为50%。艰难梭菌结肠炎的频率和严重度仍然很高并且似乎与增加的死亡率相关。早期干预和侵入性管理是恢复的关键因素。

在2005 (Dial S, Delaney J, Barkun A, Suissa S (2005). Use of gastric acid-suppressive agents and the risk of community-acquired Clostridium difficile-associated disease. JAMA 294 (23): 2989–95. doi:10.1001/jama.294.23.2989)中报导了据认为在北美引发地理上分散的暴发的抗氟喹诺酮抗生素例如盐酸环丙沙星制剂（Cipro）(环丙沙星)和左氧氟沙星制剂（Levaquin）(左氧氟沙星)的艰难梭菌的新型高毒性菌株的出现。

在2003年6月4日，在加拿大的Montreal, Quebec和Calgary, Alberta报导了该细菌的高毒株的2次暴发。对于2003年中和2004年的前几个月内的约1,400病例，来源使死亡数处于低至36与高至89之间。艰难梭菌感染在2004年后期继续成为Quebec医疗保障体系的问题。截至2005年3月，其已传播至 Toronto, Ontario区域, 使10人住院。

相似的暴发在2003与2005年之间于联合王国的Stoke Mandeville医院发生。

已有人提议加拿大和英国的暴发都与该细菌的似乎更毒的株NAP1/BI/027 相关。该菌株，也称为Quebec菌株，也牵涉在两个荷兰医院(Harderwijk和Amersfoort, 两个都在2005年)暴发的流行病。解释027的增强的毒力的理论是其为毒素A和B的超级生产者（hyperproducer）以及某些抗生素可能实际上刺激细菌过量生产。

当分析具有芽孢（spore）的患者的群体时，无症状的许多患者将该生物传递给免疫受损从而对不断增加的腹泻率和不良结果易感的个体。似乎值得注意的是上述群代表了对试图通过结合信息技术与临床监督来理解疾病如何传播的流行病学家的挑战。

2006年10月1日，根据国家卫生局调查，艰难梭菌据认为在8个月中在Leicester, England的医院杀死至少49人。

2006年10月27日，在Quebec, Canada，该细菌促成9例死亡。

2007年2月27日，在Mississauga, Ontario的Trillium医疗中心鉴定了新的暴发，其中14人被诊断为具有该细菌。该细菌与Quebec的细菌是相同的菌株。官方未能确定艰难梭菌是否是在先前的2个月中造成4个患者死亡的原因。