[发明专利]用于量化PCR产物的方法、仪器和计算机程序产品有效
申请号: | 201080031396.6 | 申请日: | 2010-05-04 |
公开(公告)号: | CN102576390A | 公开(公告)日: | 2012-07-11 |
发明(设计)人: | A·奥尔帕纳;J·斯滕曼 | 申请(专利权)人: | 表达分析公司 |
主分类号: | G06F19/24 | 分类号: | G06F19/24 |
代理公司: | 中国专利代理(香港)有限公司 72001 | 代理人: | 李进;郭文洁 |
地址: | 芬兰*** | 国省代码: | 芬兰;FI |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 量化 pcr 产物 方法 仪器 计算机 程序 产品 | ||
1.使用由样品测量的核酸解链曲线来分析含有至少一种核酸的样品的方法,所述解链曲线包含核酸解链信号和背景信号的总和信号作为温度的函数,所述方法包括
-在温度-依赖性指数校正函数中优化至少-个常数,以使在其中样品中的核酸保持实质上双链的温度区域核酸解链曲线的变化最小化,和
-通过将所述指数校正函数应用于其中核酸的链解离的测量的解链曲线的区域或其导数,产生代表核酸解链信号的校正的核酸解链曲线。
2.权利要求1的方法,其中将所述测量的解链曲线乘以指数校正函数,以得到所述校正的解链曲线。
3.权利要求1或2的方法,其中通过将在其中核酸的链解离的测量的解链曲线的区域的测量的核酸解链曲线乘以包括项KT的指数函数或其数学等价物,产生所述校正的核酸解链曲线,其中K为常数校正因子,所述K使用来自靶向核酸不发生解离的解链曲线的区域的数据来优化。
4.前述权利要求中任一项的方法,其中所述校正服从下式
其中Fcorr(T)为校正的解链曲线,Fmeas(T)为测量的解链曲线,dT=T-T0,其中T0为预先规定的起始温度,K为使用在其中样品中的靶向核酸保持实质上双链的温度区域测量的解链曲线优化的常数。
5.前述权利要求中任一项的方法,其中在宽度为至少1℃,特别是至少3℃,优选至少6℃的温度范围内进行校正函数中常数的优化。
6.前述权利要求中任一项的方法,其中计算校正的解链曲线的导数,以便得到解链峰曲线。
7.前述权利要求中任一项的方法,其中所述核酸解链曲线由通过PCR扩增,特别是竞争性PCR扩增处理的样品测量。
8.前述权利要求中任一项的方法,其中所述样品含有两种或更多种具有不同的解链温度的不同的核酸。
9.权利要求8的方法,其中所述核酸解链曲线由含有野生型cDNA和参比DNA核酸的基因组-受控的RT-PCR样品测量。
10.权利要求8或9的方法,其中所述至少两种不同的核酸的解链温度的差别小于10℃,特别是小于5℃,优选0.5-5℃。
11.权利要求8-10中任一项的方法,其中所述至少两种核酸中每一种的长度小于500个核苷酸,有利地小于100个核苷酸,特别是30-70个核苷酸。
12.权利要求8-11中任一项的方法,所述方法进一步包括以下步骤
-计算校正的解链曲线的第一导数以形成解链峰曲线,
-确定解链峰曲线的至少两个解链峰的面积,
-使用所述面积计算样品中的核酸的比例。
13.用于分析核酸的解链性质的系统,所述系统包含
-用于测量核酸解链曲线作为温度的函数的装置,所述解链曲线包含核酸解链信号和背景信号的总和信号,
-用于分析测量的解链曲线的计算单元,和
-用于将测量的解链曲线传递至所述计算单元的装置,
其中所述计算单元包含
-用于在温度-依赖性指数校正函数中优化至少一个常数,以便使在其中样品中的核酸保持实质上双链的温度区域总和信号强度的变化最小化的装置,和
-通过将所述指数校正函数应用于其中核酸的链解离的测量的解链曲线的区域或其导数,用于产生代表核酸解链信号的校正的核酸解链曲线的装置。
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