[发明专利]使用阵列比较基因组杂交技术分析核酸突变的方法

说明书

技术领域

本发明涉及使用阵列比较基因组杂交技术分析核酸突变的方法，所述方法降低来自分析结果的假阳性等的影响并且改善分析结果的可靠性。

背景技术

阵列比较基因组杂交(CGH)技术已知为这样的方法，其用于在短时间内检测发生在数10kb至数Mb水平上的基因组结构异常，诸如基因组拷贝数异常(见，例如，非专利文件1和2)。

在使用阵列CGH的用于遗传性疾病等的诊断阵列的情况中，变得必要的是精确地诊断与病理状况直接相关的拷贝数异常。因此，作为标准的核酸必定不具有拷贝数变异(CNV)并且因此应当进行小心的选择和确认包括稀有CNV的情况，以致总是存在麻烦的并且需要复查的情况。

此外，在包括用于全基因组分析的阵列、检查出拷贝数异常的情况中，因为难以获得已被证明为对于目标基因组是正常的标准核酸，所以必需对双亲和同胞进行连续检查并且进行重复地复查以确认所述情况是否是假阳性或假阴性或新发生(de novo)拷贝数异常，并且用正常分析物的分析实例和公用数据库验证(见，例如，非专利文件1)。在判断出是假阳性或假阴性的情况中，复查变得必要并且产生这样的问题，即利用一次检查不能做出诊断。

背景技术文件

非专利文件

非专利文件1：“Arei CGH Shindan Katsuyo Gaido Bukku Shitte Okitai Senshokutai Bisaikozo Ijosho(Arrey CGH Diagnosis Utilization Guidebook，Chromosome Fine Structure Disorder Which Is Need To Know)(阵列CGH诊断使用指南，需要了解的染色体精细结构异常)”由Joji Inazawa等编辑，Iyaku(Medicine and Drug(医学和药物))Journal Co.，Ltd.

非专利文件2：Issei Imoto，Joji Inazawa“Maikuro Arei Gijusu wo Mochiita CGH Kaiseki：CGH Arei Hou(CGH Analysis Using Microarray Technology：CGH Array Method(使用微阵列技术的CGH分析：CGH阵列方法))”，Saibo Kogaku(细胞技术)，卷23，No.03，355-361(2004)。

发明概述

本发明要解决的问题

鉴于背景技术的以上问题，本发明的一个目的是提供分析核酸突变的方法以及用于执行数据处理的程序，所述方法减小分析结果中假阳性和假阴性的影响，尤其是，减小由于标准核酸的CNV所导致的影响(其为常规阵列比较基因组杂交技术中的问题)，并且改善分析结果的可靠性而不需要复查。

此外，本发明的另一个目的是提供使用分析核酸突变的方法来诊断源于基因突变的疾病的方法。

解决所述问题的方式

以上问题已经由以下方法解决。

1.一种使用阵列比较基因组杂交技术来分析核酸突变的方法，其包括：

步骤(a)：使用n组相同的探针核酸组，其中多个样点存在于一个核酸微阵列上并且彼此不同的探针核酸已经被固定在多个所述样点上，使n种标记的样品核酸S1至Sn逐个地与n组所述探针核酸组接触以实现杂交，

步骤(b)：选择已经固定有相同探针核酸的n个样点X1至Xn，所述样点X1至Xn选自n组所述探针核酸组，并且获得已经被杂交到n个相应的样点X1至Xn中的样品核酸的标记强度F1至Fn，

步骤(c)：将所述样点X1的标记值F1与所述标记值F2至Fn中的每个比较，由此获得n-1个比较值C2至Cn，并且确定所述比较值中的每个是否落入指定的数值范围内，以及

步骤(d)：确定在n-1个所述比较值中在所述步骤(c)中已经确定为未落入所述指定的数值范围内的比较值的数目是否超过指定数目，并且在超过所述指定数目的情况下，判断所述样点X1为阳性，

n是3以上的整数，所述样品核酸是分析物核酸或标准核酸，至少S1是分析物核酸，而X1是已经与S1接触的样点。

2.根据以上1的分析核酸突变的方法，其中在n种所述样品核酸中至少两种是分析物核酸。

3.根据以上1或2的分析核酸突变的方法，所述方法进一步包括：

步骤(c′)：确定从F2与F1的比较值至F2与Fn的比较值的n-1个比较值中的每个是否落入指定的数值范围，以及