[发明专利]癌症的分类

说明书

背景技术

基因表达作谱可以将癌症分级为分子亚型。一般的方法已经被用于进行二维层次聚类、鉴定聚类到一起的样本组（即分子亚型），然后描述与样本组最相关的基因集合。该方法有两个主要的缺点。第一，分子亚型受到研究特异性偏差的影响，例如取样偏差、组织收集偏差（例如间质污染）、技术偏差、组织处理偏差以及众多其他偏差。结果是，一项研究中定义的分子亚型可能无法代表一般的分子亚型。第二，到目前为止的大多数分析假设每种癌症样本必定落入一种分子亚型，这限制了将预后和治疗与可能无法完全定义个体癌症的单个分子亚型实际关联起来。本文将提供一种新的分类癌症的多维方法。

发明内容

本文公开了提供坚实的、以分子为基础的癌症分类体系的癌症模块。表1-161中所示的每个癌症模块含有证明用于分类癌症的独特基因模式的共表达基因成员。对癌症患者的生物样本进行审视以鉴定与一个或多个癌症模块的基因成员表达模式一致的基因表达模式，以此鉴定患者的癌症属于所述的一个或多个具体癌症模块。通过应用本文所述的癌症模块，本发明提供了用于鉴定患者群体或个体受试者的癌症属于一个或多个经鉴定的癌症模块、用于鉴定可以对一类治疗药物和/或一种具体药物做出反应的患者群体或个体患者、用于选择可用于治疗个体癌症患者的药物、用于预测患者群体和/或具体患者中的癌症转移、复发、药物毒性以及其他治疗和诊断特征的工具、系统和方法。

基于本文所公开的癌症模块，用于治疗受试者的方法包括以下一个或多个步骤：审视从受试者获得的生物样本中表1-161列出的一个或多个癌症模块中的一个或多个基因成员的表达；将所述受试者的癌症鉴定为属于一个或多个癌症模块；将具有已证明的抗癌症活性的药物给予所述受试者，所述癌症属于经鉴定的癌症模块；鉴定药物是否已被证明缺少活性、引起毒性或又或者有损于治疗属于经鉴定的癌症模块的癌症。

具体实施方式

本发明提供了在癌症患者中具有以下表达模式的共表达基因，所述表达模式可将所述癌症鉴定为属于一个癌症模块，并提供了用于将癌症分类为属于公开的癌症模块或将患者群体鉴定为属于公开的癌症模式的方法。本发明提供了使用癌症模块作为癌症分类系统的方法，例如用于预测患者群体中药物反应性的方法和用于使用已证明具有抗癌症活性的药物治疗受试者的方法，所述癌症属于经鉴定用于该患者的癌症的癌症模块。另外，本发明还提供了用于预测患者群体转移和/或癌症复发风险、药物毒性、药物相互作用的方法以及其他这类诊断、预后和治疗的预测方法。

本文公开了属于定义的癌症模块成员的具体基因。这些定义的癌症模块可以用于鉴定具体的患者群体，例如，依据希望的诊断、预后或治疗的结果，在癌症类型中。所公开的癌症模块可以用于对训练组的癌症患者进行审视和分类，并以此鉴定对于测试患者或群体的诊断、预后或治疗的结果。

具有与一个或多个所公开的癌症模块的基因表达模式一致的基因表达模式的生物样本，将所述患者的癌症鉴定为属于所述的一个或多个癌症模块，并且提供了用于诊断、预后和治疗的预测的基础。本文还提供了含有具体基因、扩增引物、探针和/或适于确定所提供癌症模块的基因成员表达以及鉴定受试者的癌症属于一个或多个所述癌症模块的其他工具的工具、方法、系统、试剂盒、平台和类似装置。

定义

除非另有定义，本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域普通技术人员的一般理解相同的义意。对于本发明，对下述术语进行了定义。

本文使用的冠词“一”和“一个”是指一个或超过一个（即至少一个）所用冠词的语法上的指代对象。例如，“一个元素”表示一个或多个元素。

本文使用的术语“生物样本”是指可以被获得并测定基因表达的样本。所述生物样本可以包括生物流体（例如血液、脑脊液、尿、血浆）、组织活检物等。在一些实施方案中，所述样本是组织样本，例如肿瘤组织，并且可以是新鲜组织、冷冻组织或封存的石蜡包埋组织。