[发明专利]DNA微阵列中的探针设计方法、具有利用该方法设计的探针的DNA微阵列

权利要求书

1.一种探针的设计方法，包括：

对于来源于对象生物的基因组DNA所含有的、被限制性内切酶识别部位夹入的基因组DNA片段，指定具有比该基因组DNA片段短的碱基长度且覆盖该基因组DNA片段内的至少一部分的1个或多个区域的步骤；

将指定的1个或多个区域作为探针来进行设计的步骤。

2.如权利要求1所述的探针的设计方法，其特征在于，所述1个或多个区域通过以下工序指定，

（1a）提取所述基因组DNA的工序，

（1b）用所述限制性内切酶将提取的基因组DNA消化的工序，

（1c）将接头连结到所述（1b）中得到的基因组DNA片段的工序，

（1d）使用与所述接头杂交的引物将所述基因组DNA片段扩增的工序，

（1e）确定扩增的所述基因组DNA片段的碱基序列的工序，

（1f）基于确定的碱基序列来确定所述1个或多个区域的工序。

3.如权利要求2所述的探针的设计方法，其特征在于，所述（1b）中，用多种限制性内切酶消化所述基因组DNA。

4.如权利要求3所述的探针的设计方法，其特征在于，所述（1c）中，连结与选自所述多种限制性内切酶中的1种限制性内切酶或使用的所述多种限制性内切酶中的一部分限制性内切酶对应的接头。

5.如权利要求2所述的探针的设计方法，其特征在于，作为所述接头，具有与所述（1b）中得到的基因组DNA片段的突出末端互补的序列。

6.如权利要求1所述的探针的设计方法，其特征在于，所述1个或多个区域使用与所述基因组DNA相关的碱基序列信息通过以下工序指定，

（2a）由与所述基因组DNA相关的碱基序列信息检索所述限制性内切酶的识别序列，指定用所述限制性内切酶消化所述基因组DNA时产生的基因组DNA片段的碱基序列的工序，

（2b）基于所述指定的碱基序列来确定所述1个或多个区域的工序。

7.如权利要求6所述的探针的设计方法，其特征在于，所述（2a）中，确定用多种限制性内切酶消化所述基因组DNA时产生的基因组DNA片段的碱基序列。

8.如权利要求7所述的探针的设计方法，其特征在于，所述（2b）中，针对被选自所述多种限制性内切酶中的1种限制性内切酶或使用的所述多种限制性内切酶中的一部分限制性内切酶夹入的基因组DNA片段，确定所述1个或多个区域。

9.如权利要求1所述的探针的设计方法，其特征在于，所述1个或多个区域通过以下工序指定，

（3a）提取所述基因组DNA的工序，

（3b）用所述限制性内切酶将提取的基因组DNA消化的工序，

（3c）将接头连结到所述（3b）中得到的基因组DNA片段的工序，

（3d）使用与所述接头杂交的引物将所述基因组DNA片段扩增的工序，

（3e）用其它限制性内切酶消化扩增的所述基因组DNA片段的工序，

（3f）分离所述（3e）中消化得到的DNA片段而作为探针的工序。

10.如权利要求9所述的探针的设计方法，其特征在于，在所述（3b）中，用多种限制性内切酶消化所述基因组DNA。

11.如权利要求3所述的探针的设计方法，其特征在于，在所述（3c）中，连结与选自所述多种限制性内切酶中的1种限制性内切酶或使用的所述多种限制性内切酶中的一部分限制性内切酶对应的接头。

12.如权利要求9所述的探针的设计方法，其特征在于，作为所述接头，具有与所述（3b）中得到的基因组DNA片段的突出末端互补的序列。

13.如权利要求1所述的探针的设计方法，其特征在于，设计20～100碱基长度的探针。

14.一种DNA微阵列，具备利用权利要求1～13中任一项所述的探针的设计方法而设计的探针和固定该探针的载体。

15.如权利要求14所述的DNA微阵列，其特征在于，所述探针是在所述载体上基于序列信息而合成得到的。