[发明专利]用于多重核酸测序的标签及其使用方法有效
申请号: | 201110050238.1 | 申请日: | 2011-03-03 |
公开(公告)号: | CN102653784A | 公开(公告)日: | 2012-09-05 |
发明(设计)人: | 刘琳;何毅敏 | 申请(专利权)人: | 深圳华大基因科技有限公司;深圳华大基因研究院 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;C40B40/08;C40B50/06;C12N15/11;C12N15/10 |
代理公司: | 中国国际贸易促进委员会专利商标事务所 11038 | 代理人: | 罗菊华 |
地址: | 518083 广东省深圳市盐田*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 多重 核酸 标签 及其 使用方法 | ||
1.一组不同长度,优选梯度长度的标签用于测序标签文库的构建和/或测序的用途,其中所述标签是一段寡聚核苷酸序列,优选是2-100bp的核苷酸序列。
2.权利要求1所述的用途,其中将所述标签包含在用于扩增目的序列的PCR引物中,从而构成各自相对应的标签PCR引物,通过PCR方法引入待测序序列中,所述PCR标签引物用作PCR的5’引物,或3’引物,或者同时用作PCR的5’引物和3’引物。
3.权利要求1所述的用途,其中在所述标签PCR引物中,所述标签嵌入用于扩增目的序列的PCR引物中,或者通过或不通过连接子与用于扩增目的序列的PCR引物的5’端或3’端相连,从而构成各自相对应的标签PCR引物。
4.权利要求1所述的用途,其中将所述标签包含在标签文库的接头中,从而构成各自相对应的标签接头,所述标签接头用作标签文库的5’接头,3’接头,或者同时用作标签文库的5’接头和3’接头。
5.权利要求1所述的用途,其中所述标签插入接头中,或通过或不通过连接子连接在接头的末端,优选地不通过连接子连接在接头的末端,从而构成自相对应的标签接头。
6.权利要求1所述的用途,其中所述标签构成标签PCR引物和标签接头,同时用于测序标签文库的构建和/或测序。
7.一组不同长度,优选梯度长度的标签,其用于测序标签文库的构建和/或测序。
8.一组梯度标签,所述一组梯度标签包括如下或由如下组成:表1所示的6个梯度标签或者与其相差1个碱基的梯度标签中的至少2个,或至少3个,或至少4个,或至少5个,或全部6个,
所述一组梯度标签优选地至少包括表1所示的6个梯度标签中的Index1和Index2,或Index3和Index4,或Index5和Index6,或者他们任何两个或多个的组合。
9.权利要求8所述的梯度标签,其中所述相差1个碱基包括对表1所示的6个梯度标签的序列中1个碱基的取代、添加或缺失。
10.权利要求8或9所述的梯度标签用于测序标签文库,特别是Illumina/Solexa测序标签文库的构建和/或测序的用途,其中所述梯度标签包含在用于测序标签文库,特别是Illumina/Solexa测序标签文库的接头2的5’末端中,从而构成各自相对应的梯度标签接头2,其用作测序标签文库,特别是Illumina/Solexa测序标签文库的3’接头。
11.权利要求10所述的用途,所述梯度标签包含在接头2的5’末端中,包括所述梯度标签通过或不通过连接子与接头2的5’末端相连,或者插入接头2的5’末端中,优选的是不通过连接子与接头2的5’末端相连。
12.使用权利要求8或9所述的梯度标签构建的测序标签文库,特别是Illumina/Solexa测序标签文库。
13.包含权利要求8所述的梯度标签的一组梯度标签接头2,其在5’末端包含权利要求1所述的梯度标签,并且优选地用作测序标签文库,特别是Illumina/Solexa测序标签文库的3’接头,所述一组梯度标签接头2包括如下或由如下组成:表1所示的6个梯度标签接头2或者与其中包含的梯度标签序列相差1个碱基的接头中的至少2个,或至少3个,或至少4个,或至少5个,或全部6个,
所述一组梯度标签接头2优选地至少包括表1所示的6个梯度标签接头2中的Index1 adapter2F/R和Index2 adapter2F/R,或Index3adapter2F/R和Index4 adapter2F/R,或Index5 adapter2F/R和Index6adapter2F/R,或者他们任何两个或多个的组合。
14.权利要求13所述的梯度标签接头2,其中所述相差1个碱基包括对梯度标签序列中1个碱基的取代、添加或缺失。
15.权利要求13或14所述的梯度标签接头2用于测序标签文库,特别是Illumina/Solexa测序标签文库的构建和/或测序的用途,所述梯度标签接头2用作测序标签文库,特别是Illumina/Solexa测序标签文库的3’接头。
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