[发明专利]用于检测甲基化DNA的试剂盒和方法

说明书

本申请是申请日为2005年11月28日、发明名称为“用于检测甲基化DNA的试剂盒和方法”的中国专利申请200580047184.6(国际申请号PCT/EP2005/012705)的分案申请。 

本发明涉及检测甲基化DNA的体外方法，其包括(a)用能够结合甲基化DNA的多肽包被容器；(b)将所述多肽与含有甲基化和/或未甲基化的DNA的样品接触；和(c)检测所述多肽与甲基化DNA的结合。在优选实施方案中，所述方法还包括步骤(d)通过测序分析所检测的甲基化DNA。本发明的另一方面是用于根据本发明的方法检测甲基化DNA的试剂盒，其包含(a)能够结合甲基化DNA的多肽；(b)可以用所述多肽包被的容器；(c)包被所述容器的手段；和(d)检测甲基化DNA的手段。

产生所有活的生物的细胞的信息包含在它们的DNA中。DNA由简写为G、A、T和C的四种碱基组成并且像非常长的梯子一样构造，这些字母对组成梯子的每个“横档”。字母G与C配对，A与T配对。这些对的字符串将信息像编码的信息一样储存，组成分组为区域的特定分子的信息称作基因。二倍体动物的每个细胞含有每个基因的两个拷贝，每个基因的一个拷贝来自母亲并且一个拷贝来自父亲。(该规则的唯一例外是染色体上决定生物发育成“雄性”还是“雌性”的基因)。

DNA甲基化和基因调节

除了“拼出”我们的基因组的四种碱基-腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶和胸腺嘧啶之外，还存在第五种碱基，其通过复制后DNA的修饰产生。DNA甲基转移酶(DNMTs)可以催化甲基从甲基供体S-腺苷甲硫氨酸向胞嘧啶环的转移，并从而产生碱基5-甲基胞嘧啶。特定胞嘧啶残基在哺乳动物中被修饰，所述胞嘧啶残基在DNA序列中鸟嘌呤残基之前(CpG二核苷 酸)(Singal，Blood 93(1999)，4059-4070)；Robertson，Nat.Rev.Genet.1(2000)，11-19；Ng，Curr.Opin.Genet.Dev.(2000)，158-163；Razin，EMBOJ.17(1998)，4905-4908)。CpG二核苷酸的甲基化通常与稳定的转录抑制相关并且可能导致大部分非编码基因组和潜在可能的序列如转座子、重复或者病毒插入片段不转录这一事实。有趣的是CpG二核苷酸在基因组中分布非常不均(Singal(1999)，在上述引文中，Robertson(2000)，在上述引文中，Ng(2000)，在上述引文中，Razin(1998)，在上述引文中)。基因组的大部分含有比统计预期的少得多的CpG。这可能是由于5-甲基胞嘧啶比较容易地脱氨成胸苷，其在进化过程中导致CpG二核苷酸的数目相对减少。然而，再次，有更多数目的CpG分布在基因组中，即所称作的CpG岛。这些区域通常含有转录起始点和基因启动子并且通常不甲基化，相比之下，CpG不与CpG岛有关。在正常细胞中，CpG岛的甲基化仅在罕见的病例中观察到，如雌性细胞的x染色体的第二个拷贝和亲本印记基因组的失活(Singal(1999)，在上述引文中，Robertson(2000)，在上述引文中，Ng(2000)，在上述引文中，Razin(1998)，在上述引文中)。

DNA甲基化的调节