[发明专利]一种检测黄牛Dapperl基因单核苷酸多态性的方法

说明书

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，涉及基因单核苷酸多态性(SNP)的检测，特别涉及一种检测黄牛Dapper1基因单核苷酸多态性的方法。

背景技术

单核苷酸多态性(SNP)就是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A/T/C/G)的替换而引起的多态性。在任何已知或未知的基因内或附近都可能找到数量不等的SNPs，基因编码区内的SNPs(cSNPs)比较少，因为在外显子内的变异率仅占周围序列的1/5，但它在遗传病和育种的研究中却具重要意义，因此倍受关注。

近年来，人们发展了许多用于探寻分子遗传标记的方法，最常见的有单链构象多态技术(SSCP)、直接测序技术和PCR-RFLP等，但SSCP操作繁琐、耗时长，结果易造成误判；而直接测序技术成本又较高。PCR-RFLP方法是一种检测SNP的有效技术，在发现SNP位点后使用限制性内切酶进行切割，然后进行琼脂糖凝胶电泳分析，就能准确地鉴别SNP位点。PCR-RFLP方法不仅具有DNA测序法的准确性，又克服了费用昂贵、繁琐操作、假阳性的缺点，而且所检测的序列位点无特殊性要求。

Dapper1蛋白是一种信号调控分子。在爪蟾和斑马鱼等低等动物中，Dapper1在早期胚胎发育的多个过程中起重要作用。目前，对于Dapper1基因的研究多在人类和鱼类上，主要在Wnt信号通路中的作用以及相关疾病发生机理等方面做了大量研究。国内外未见关于动物 Dapper1基因遗传变异的研究。中国黄牛Dapper1基因遗传变异领域的研究匮乏，该基因位点的功能研究及其遗传变异与经济性状(如：体重和日增重等性状)关联的研究仍是空白。由于Dapper1基因功能涉及体重和日增重等生长性状，本发明提供的检测方法为Dapper1基因的SNP与生长性状关系的建立奠定了基础，以便用于中国黄牛生长性状的标记辅助选择(MAS)，快速建立遗传资源优良的黄牛种群。

发明内容

本发明解决的问题在于利用PCR-RFLP方法检测黄牛Dapper1基因的多态性，并将其与生长性状进行关联分析，验证其是否可以作为黄牛分子育种中辅助选择的分子标记，从而加快良种选育速度。

本发明是通过以下技术方案来实现：

一种检测黄牛Dapper1基因单核苷酸多态性的方法，以包含Dapper1基因的待测黄牛全基因组DNA为模板，以引物对P1、P2、P3、P4为引物，PCR扩增黄牛Dapper1基因；用限制性内切酶Ms口、HindII、NcoI、HhaI分别消化PCR扩增产物之后，再对酶切后的扩增片段进行琼脂糖凝胶电泳，根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定黄牛Dapper1基因第8344位、第8428位、第10513位、第10765位的单核苷酸多态性，

所述的引物对P1为：

上游引物：gttgactgtt ccccctccac accac    25bp；

下游引物：gaggaacatt gggctctgca cggcccc；27bp。

所述的引物对P2为：

上游引物：gaggagcggc ttggtaacca tgtca    25bp；

下游引物：cagcgttcac actggtcctc gg；     22bp。

所述的引物对P3为：

上游引物：tgtgaagcag atacaagggg cagcc    25bp；

下游引物：gtggcaaagg ttttagcgaa tcc；    23bp。

所述的引物对P4为：

上游引物：tacccaacat tgatgccttt ttcgc    25bp；

下游引物：caagacaggg tcagtggtcc aatc。   24bp。

所述的PCR扩增反应程序为：

94℃预变性5min；30～34个循环94℃变性30s，65℃退火30s，72℃延伸30s；72℃延伸10min。

所述的琼脂糖凝胶的质量浓度为3.0％。