[发明专利]一种基于基因测序法的乙型肝炎病毒基因分型试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种利用基因测序技术检测乙型肝炎病毒(HBV)不同基因亚型的试剂盒。

背景技术

乙型肝炎是世界范围的严重危害人类健康的疾病，全球有约20亿人感染乙型肝炎病毒病毒(hepatitis B virus，HBV)，其中3.5亿人呈慢性感染状态，是导致肝纤维化、肝衰竭和肝癌的主要原因。目前已确定的HBV基因型有A、B、C、D、E、F、G、H八种，最近又报道了2种新基因型I和J(Olinger CM，Jutavijittum P，Hubschen JM，et al.Possible new hepatitis B virus genotype，southeast Asia.Emerg Infect Dis.2008；14：1777-80)。中国人主要以基因B型和C型为主。不同基因型的HBV感染者，使用抗病毒药物治疗的效果各不相同。研究报告指出，HBV的基因特征，包括HBV基因型和基因变异与肝纤维化、肝细胞癌的发生显著相关(Yu MW，Yeh SH，Chen PJ，et al.Hepatitis B virus genotype and DNA level and hepatocellμlar carcinoma：a prospective study in men.J Natl Cancer Inst.2005；97(4)：265-72)。慢性乙型肝炎进展为肝纤维化和肝癌的患者主要由B、C基因型HBV携带者组成(Taylor Brent C，Yuan Jian-Min，Shamliyan Tatyana A，et al.Clinical outcomes in adμlts with chronic hepatitis B in association with patient and viral characteristics：a systematic review of evidence.Hepatology.2009；49：S85-S95)。和基因型B相比，HBV基因型C的患者血清HBeAg出现迟、清除慢，核酸复制力强、更易进展为肝纤维化和肝癌，并且对干扰素治疗的反应性差。因此，检测HBV基因型是选择抗病毒药治疗方案和监测治疗效果的前提和依据。

HBV基因型差异会导致抗病毒药物治疗的不同效果。检测HBV基因型能帮助医生预测患者的抗病毒治疗效果。B基因型感染患者在拉米夫定治疗时尤其是第1年中比C基因型感染者更易产生耐药性(Hsieh TH，Tseng TC，Liu CJ，et al.Hepatitis B virus genotype B has an earlier emergence of lamivudine resistance than genotype C.Antivir Ther.2009；14(8)：1157-63)。对于HBeAg阳性的亚洲人群，B基因型患者对普通干扰素和聚乙二醇干扰素为主的治疗均敏感；C基因型患者仅对聚乙二醇干扰素治疗敏感。用干扰素治疗的HBV患者，D基因型和C基因型的治疗效果比A基因型和B基因型差；并且，A基因型比B、C基因型患者更易于产生对拉米夫定的耐药性(Palumbo E.Hepatitis Bgenotypes and response to antiviral therapy：a review.Am J Ther.2007，14(3)：306-9)。

目前可用于HBV基因分型的方法有限制性片段长度多态性、型特异性探针检测、基因芯片分析、基因测序及序列比对等。限制性片段长度多态性技术相对简单，但是酶切位点易受基因变异影响，且遇混合感染或酶切不完全，会出现复杂条带，影响分型结果判断；型特异性探针操作复杂，敏感性不高；基因芯片法成本高、芯片制作繁琐；而基因测序法敏感性和特异性均高，操作相对简便，可高通量完成临床样品检测。目前利用基因测序法进行HBV基因分型的方法主要有全基因序列测定和S基因序列测定等，这些方法虽然进行HBV分型准确可靠，但耗时耗力。

目前尚无文献报道利用基因测序技术检测乙型肝炎病毒(HBV)不同基因亚型的试剂盒。

发明内容

本发明的目的在于提供一种能快速、简便、敏感、特异的检测HBV基因型的试剂盒。

本发明人在对HBV基因亚型A、B、C、D、E、F、G和H的研究发现，这些基因亚型的HBV DNA S存在差异如下：