[发明专利]组织特异性相互作用拓扑网络构建与分析方法

权利要求书

1.一种组织特异性相互作用拓扑网络构建与分析方法，其特征在于，包括：集成的相互作用网络节点相似性度量、组织特异性相互作用网络的构建模块、相互作用网络的拓扑分析模块和组织特异性功能模块的辨识模块；其中，

所述的组织特异性相互作用网络的构建模块，包括：组织特异性基因相互作用的网络构建、组织特异性转录因子相互作用的网络构建和组织特异性编码蛋白相互作用网络构建；

所述的相互作用网络的拓扑分析模块，包括：统计网络中各个节点的连接度、统计网络中各个节点的中介度、计算网络中各个节点的紧密性、计算相互作用网络中的最大集团和统计出相互作用网络中的Hub节点；

所述的组织特异性功能模块的辨识模块，包括：从基因本体数据库和KEGG生物领域知识库中获取相关的组织特异性知识，即相关的组织特异性基因、转录因子和编码蛋白；通过比较目标集合与Gene Ontology和KEGG生物领域知识库的拟合程度，从而实现组织特异性功能分析，对结构组织特异性分析，是通过统计相互作用网络中相似结构的子网来实现。

2.根据权利要求1所述的组织特异性相互作用拓扑网络构建与分析方法，其特征在于，所述的集成的相互作用网络节点相似性度量是：

假设相互作用网络中的两个节点n₁，n₂，存在m个证据E₁，E₂，L，E_m支持他们之间的相互作用，采用下面的公式来度量n₁，n₂的相似性：

Sim(n1,n2)=Σi=1mlogProb(n1,n2|Ei)Πj≠iProb(n1,n2|Ej)=Σi=1m(logProb(n1,n2|Ei)-Σj≠ilogProb(n1,n2|Ej))]]>

其中Prob(n₁，n₂|E_i)表示证据E_i支持n₁，n₂相互作用的概率。因而下面的网络构建中，就是找到支持这种相互作用的证据并估计相应的概率。