[发明专利]一种从林木基因组中高通量开发SSR标记的方法有效
| 申请号： | 201110123288.8 | 申请日： | 2011-05-13 |
| 公开（公告）号： | CN102226178A | 公开（公告）日： | 2011-10-26 |
| 发明（设计）人： | 林元震;莫晓勇;陈晓阳;刘纯鑫 | 申请（专利权）人： | 华南农业大学 |
| 主分类号： | C12N15/11 | 分类号： | C12N15/11;C12N15/10;C12Q1/68 |
| 代理公司： | 广州粤高专利商标代理有限公司 44102 | 代理人： | 林丽明 |
| 地址： | 510642 广*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 林木 基因组 中高 通量 开发 ssr 标记 方法 | ||
1.一种从林木基因组中高通量开发SSR标记的方法，其特征在于包括如下步骤：
（1）从公共序列库中获取林木基因组序列；
（2）开发SSR标记预测程序htmSSR；
（3）将htmSSR程序对步骤（1）的林木基因组进行SSR搜索；
（4）根据搜索到的SSR序列进行引物设计，经引物多态性检测，得到多态性引物，即为基因组SSR标记。
2.根据权利要求1所述的从林木基因组中高通量开发SSR标记的方法，其特征在于步骤（2）中所述程序htmSSR是利用perl语言开发的，perl语言版本为ActivePerl V5.8.8.822。
3.根据权利要求1所述的从林木基因组中高通量开发SSR标记的方法，其特征在于步骤（3）中所述SSR搜索的同时也对序列的上下游各200bp进行搜索，供设计引物用。
4.根据权利要求1所述的从林木基因组中高通量开发SSR标记的方法，其特征在于步骤（4）中所述涉及引物是根据SSR序列，采用生物信息学软件primer3.0进行引物设计。
5.根据权利要求1所述的从林木基因组中高通量开发SSR标记的方法，其特征在于所述林木为桉树。
6.一种桉树基因组SSR标记，其序列如SEQ ID NO:1所示。
7.权利要求6所述基因组SSR标记在构建SSR多态性图谱中的应用。
8.一种桉树SSR多态性图谱，其特征在于按照如下方法得到：
（1）提取桉树的基因组DNA；
（2）以步骤（1）所述基因组DNA为模板，利用权利要求6所述SSR标记进行PCR扩增；
（3）将扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，得到桉树SSR多态性图谱。
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