[发明专利]一种从林木基因组中高通量开发SSR标记的方法

说明书

技术领域

本发明涉及基因工程技术领域，具体涉及一种从林木基因组中高通量开发SSR标记的方法。

背景技术

简单序列重复（simple sequence repeat，SSR），也称微卫星（microsatellite），是指以1~6个核苷酸为单位在基因组中多次串联重复的DNA序列（Akkaya M, Bhagwata A, Cregan B.1992. Length polymorphisms of simple repeat DNA in soybean. Genetics. 132: 1131-1139）。SSR标记与其它分子标记技术相比，具有易检测、共显性遗传、重复性好、数量丰富和多态性高以及遍布整个基因组等优点，因此在植物遗传研究的众多方面受到重视(Schlotterer C .2004. The evolution of molecular markers- just a matter of fashion. Nat Rev Genet. 5: 63-69)。SSR可分为基因组SSR和EST-SSR。传统的基因组SSR标记开发一般是经过基因组DNA文库构建、重复序列克隆的识别和筛选以及测序等实验流程获得，开发过程繁琐、时间长、成本高，而且效率低(Roder MS, Korzun V, Wendehake K, Plaschke J, Tixier MH, Leroy P, Ganal MW.1998. A microsatellite map of wheat. Genetics. 149: 2007-2023)。此外，传统方法开发的基因组SSR不但数量较少，而且重复基序也限制在2~3个核苷酸，极大地限制了基因组SSR的应用范围(林元震，郭海，黄少伟，刘纯鑫，刘天颐，陈晓阳. 2009.EST-SSR标记在木本植物中的开发和应用.植物生理学通讯. 45(12):1221-1225)。近些年来，随着植物基因组与功能基因组研究的发展，大规模植物基因组的测序，产生了大量的基因组序列，并上传到核酸公共数据库，已成为高通量开发基因组SSR的一种资源。

目前，有许多软件可以预测SSR标记，比如SSRIT、MISA、SSR Finder和Repeat Masker等(林元震，郭海，黄少伟，刘纯鑫，刘天颐，陈晓阳. 2009.EST-SSR标记在木本植物中的开发和应用.植物生理学通讯. 45(12):1221-1225)，但上述软件均主要用于EST-SSR的搜索，对于基因组，尤其是林木基因组，因其数据比较庞大，还没有一种高通量开发林木基因组SSR标记方法的相关报道。

发明内容

本发明的目的在于根据现有技术中存在的不足，提供一种高通量开发SSR标记的方法。

本发明另一目的在于提供一种桉树基因组SSR标记。

本发明还有一个目的在于提供利用上述桉树基因组SSR标记得到桉树SSR多态性图谱的方法。

本发明上述目的通过以下技术方案予以实现：

本发明所提供高通量开发林木基因组SSR标记的方法，包括以下步骤：

1）从公共序列库中获取林木基因组序列；

2）利用perl语言开发SSR标记预测程序htmSSR；

3）采用步骤2）得到的htmSSR程序对步骤1）的林木基因组进行SSR标记搜索；

4）根据步骤3）中SSR序列，采用生物信息学软件primer3.0，进行引物设计，再进行引物多态性检测，得到多态性引物，即为基因组SSR标记。

上述方法中，在步骤2）中的程序htmSSR是利用perl语言开发的，同时该程序也属于本发明的保护范围。

上述方法中，在步骤3）中检索基因组SSR标记的同时也进行其上下游序列各200bp，以供步骤4）设计引物所用。

上述方法中，在步骤3）后，包括以下步骤：根据步骤3）中的SSR序列，采用生物信息学软件primer3.0，进行引物设计，再进行引物多态性检测，得到多态性引物，即为基因组SSR标记。

上述方法中，所述基因组为林木基因组。

上述方法中，所述植物为桉树。

在可获得林木基因组、叶绿体基因组或一定数量DNA序列的基础上，本发明的方法适用于所有林木物种基因组SSR标记的开发，具体如桉树；基因组或DNA序列越丰富，利用本方法开发标记的效果越好。

本发明的另一个目的是提供一种基因组SSR标记，其中的一条序列如SEQ ID NO:1所示。

上述基因组SSR在构建SSR多态性图谱中的应用也属于本发明的保护范围。